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万見
- PDB-3r08: Crystal structure of mouse cd3epsilon in complex with antibody 2C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r08
タイトルCrystal structure of mouse cd3epsilon in complex with antibody 2C11 Fab
要素
  • Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 heavy chain
  • Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 light chain
  • T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD3epsilon / antibody / T-cell receptor / signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative thymic T cell selection ...lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative thymic T cell selection / positive thymic T cell selection / alpha-beta T cell receptor complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / immunological synapse / positive regulation of interleukin-2 production / T cell costimulation / response to nutrient / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / cerebellum development / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of T cell activation / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / T cell receptor signaling pathway / cell body / dendritic spine / adaptive immune response / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus migratorius (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Shore, D.A. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: T cell receptors are structures capable of initiating signaling in the absence of large conformational rearrangements.
著者: Fernandes, R.A. / Shore, D.A. / Vuong, M.T. / Yu, C. / Zhu, X. / Pereira-Lopes, S. / Brouwer, H. / Fennelly, J.A. / Jessup, C.M. / Evans, E.J. / Wilson, I.A. / Davis, S.J.
履歴
登録2011年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 light chain
H: Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 heavy chain
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2593
ポリマ－56,2593
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)263.177, 263.177, 263.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: 抗体 Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 light chain


分子量: 23646.154 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma
#2: 抗体 Mouse anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 heavy chain


分子量: 23149.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma
#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 9463.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / 遺伝子: Cd3e / Cell (発現宿主): ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P22646
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M Mes, ammonium sulfate, dioxane, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月24日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 12153 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 116.64 Å2
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3R06, 1SY6

3r06

1sy6


解像度: 4.1→33.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 582 4.81 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 12110 --
原子変位パラメータBiso mean: 180.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.274 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→33.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3944 0 0 0 3944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0140402
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.4455032
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13462
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes982
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5805
X-RAY DIFFRACTIONt_it404020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5405
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact46454
LS精密化 シェル解像度: 4.1→4.49 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3605 144 5.01 %
Rwork0.2777 2732 -
all0.2815 2876 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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