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- PDB-3qzp: Staphylococcus aureus IsdA NEAT domain in complex with cobalt-pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qzp
タイトルStaphylococcus aureus IsdA NEAT domain in complex with cobalt-protoporphyrin IX
要素Iron-regulated surface determinant protein A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / heme / transport / iron / uptake / receptor / cell wall
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain ...Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Iron-regulated surface determinant protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Iron-Coordinating Tyrosine Is a Key Determinant of NEAT Domain Heme Transfer.
著者: Grigg, J.C. / Mao, C.X. / Murphy, M.E.
履歴
登録2011年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein A
B: Iron-regulated surface determinant protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9048
ポリマ－29,2932
非ポリマー1,6116
水5,224290
1
A: Iron-regulated surface determinant protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3583
ポリマ－14,6461
非ポリマー7122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Iron-regulated surface determinant protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5465
ポリマ－14,6461
非ポリマー9004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.465, 51.707, 55.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein A / Fur-regulated protein A / Staphylococcal transferrin-binding protein A


分子量: 14646.335 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 62-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: frpA, isdA, SA0977, stbA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A655
#2: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日 / 詳細: Vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22960 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.932.50.3419210.993178.1
1.93-1.972.80.27511010.974194
1.97-2.012.90.26811261.031195.7
2.01-2.0530.24811471.04196.6
2.05-2.093.10.2111431.014196.5
2.09-2.143.20.19711361.014197.1
2.14-2.193.30.18511210.98196.2
2.19-2.253.30.16611721.006198.3
2.25-2.323.30.18711530.996197.3
2.32-2.393.40.16911511.024197.2
2.39-2.483.40.1511560.978198.3
2.48-2.583.40.14411590.926198.1
2.58-2.73.50.13311791.026198
2.7-2.843.60.11211611.002198
2.84-3.023.60.10911661.029198.5
3.02-3.253.70.07711860.972198.5
3.25-3.583.70.05811671.003198.6
3.58-4.093.60.05411890.986198.8
4.09-5.163.60.04112010.962199.3
5.16-503.50.04112251.02198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ITF

2itf


解像度: 1.9→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.111 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 1174 5.1 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1805 22863 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.56 Å2 / Biso mean: 17.6374 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-0.84 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2036 0 109 290 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9342.0283363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8765273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.6225.913115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36815384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.335154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.430.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.721.51331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34622193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76431095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8584.51170
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 79 -
Rwork0.215 1375 -
all-1454 -
obs--83.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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