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- PDB-3qw4: Structure of Leishmania donovani UMP synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qw4
タイトルStructure of Leishmania donovani UMP synthase
要素UMP synthase
キーワードTRANSFERASE / LYASE / N-terminal orotidine monophosphate decarboxylase domain C-terminal orotate phosphoribosyltransferase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / nucleoside metabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / OMPdecase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者French, J.B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Leishmania donovani UMP synthase is essential for promastigote viability and has an unusual tetrameric structure that exhibits substrate-controlled oligomerization.
著者: French, J.B. / Yates, P.A. / Soysa, D.R. / Boitz, J.M. / Carter, N.S. / Chang, B. / Ullman, B. / Ealick, S.E.
履歴
登録2011年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: UMP synthase
C: UMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5876
ポリマ－98,5792
非ポリマー1,0084
水73941
1
B: UMP synthase
C: UMP synthase
ヘテロ分子

B: UMP synthase
C: UMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,17512
ポリマ－197,1594
非ポリマー2,0168
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area20480 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area63760 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area35530 Å2
手法PISA
3
C: UMP synthase
ヘテロ分子

B: UMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5876
ポリマ－98,5792
非ポリマー1,0084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area37030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.722, 64.722, 477.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B-10 - 255
2114C-10 - 255

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要素

#1: タンパク質 UMP synthase


分子量: 49289.629 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-452 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: LDBPK_160560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9BCQ9, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 32 % Peg400, 250 mM NaCl 0.1 M Hepes, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月15日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 21844 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.99-3.11.70.374139.7
3.1-3.222.10.266159.1
3.22-3.372.70.254182.2
3.37-3.543.40.222199.1
3.54-3.773.70.178199.8
3.77-4.063.80.162199.9
4.06-4.473.80.137199.8
4.47-5.113.80.123199.7
5.11-6.443.80.113199.7
6.44-503.80.101198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 56.932 / SU ML: 0.466 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3043 996 5 %RANDOM
Rwork0.23555 ---
obs0.23905 19027 91.68 %-
all-34461 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6515 0 64 41 6620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.9729155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9415888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66722.819259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16815954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4541551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4251.54432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69126969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89132279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5764.52185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1785 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.330.5
MEDIUM THERMAL0.532
LS精密化 シェル解像度: 2.995→3.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 42 -
Rwork0.307 762 -
obs--50.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3077-0.2216-0.30821.1737-0.20071.0329-0.03450.03580.05010.14470.0309-0.05430.06130.05020.00360.0778-0.00880.00160.02970.03410.082736.5523-32.7685-43.055
2-0.8168-0.0079-0.0273-0.3308-0.3144.03630.02380.11830.0495-0.1275-0.0286-0.0636-0.3545-0.64980.00480.56890.06460.07850.73260.0130.386810.8871-22.21616.3077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0 - 452
2X-RAY DIFFRACTION1B7485
3X-RAY DIFFRACTION1B453 - 474
4X-RAY DIFFRACTION2C0 - 452
5X-RAY DIFFRACTION2C453 - 7485
6X-RAY DIFFRACTION2C455 - 473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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