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- PDB-3qve: Crystal structure of human HMG box-containing protein 1, HBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qve
タイトルCrystal structure of human HMG box-containing protein 1, HBP1
要素HMG box-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / SGC / HMG box transcription factor 1 / HBP1 / AXH domain / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway / regulation of cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
HMG box-containing protein 1 / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HMG box-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Cocking, R. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Cocking, R. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human HMG box-containing protein 1, HBP1
著者: Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Cocking, R. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / ...著者: Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Cocking, R. / Vollmar, M. / Yue, W.W. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMG box-containing protein 1
B: HMG box-containing protein 1
C: HMG box-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,92641
ポリマ－46,4653
非ポリマー2,46138
水7,134396
1
A: HMG box-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,32914
ポリマ－15,4881
非ポリマー84113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HMG box-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,57818
ポリマ－15,4881
非ポリマー1,08917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HMG box-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0199
ポリマ－15,4881
非ポリマー5318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.840, 118.840, 93.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-70-

HOH

21A-385-

HOH

31B-111-

HOH

41B-128-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPPHEPHE5AA207 - 3124 - 109
21TRPTRPPHEPHE5CC207 - 3124 - 109
31TRPTRPPHEPHE5BB207 - 3124 - 109
12TYRTYRCYSCYS6AA313 - 326110 - 123
22TYRTYRCYSCYS6CC313 - 326110 - 123
32TYRTYRCYSCYS6BB313 - 326110 - 123
13GLUGLUPROPRO5AA327 - 337124 - 134
23GLUGLUPROPRO5CC327 - 337124 - 134
33GLUGLUPROPRO5BB327 - 337124 - 134

-
要素

#1: タンパク質 HMG box-containing protein 1 / HMG box transcription factor 1 / High mobility group box transcription factor 1


分子量: 15488.395 Da / 分子数: 3 / 断片: AXH domain residues 206-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBP1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: O60381
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 3x3 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→59.42 Å / Num. all: 48373 / Num. obs: 48353 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6798 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1V06

1v06


解像度: 2.04→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.986 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19175 2051 4.2 %RANDOM
Rwork0.16243 ---
obs0.1637 46301 99.4 %-
all-48353 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.35 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 155 396 3560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9624389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5324.627134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68715487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.602153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6731951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.553802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.33353151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.65381322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.476111229
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A623medium positional0.140.5
C623medium positional0.170.5
B623medium positional0.190.5
A920loose positional0.345
C920loose positional0.335
B920loose positional0.325
A623medium thermal1.392
C623medium thermal2.192
B623medium thermal1.762
A920loose thermal1.5210
C920loose thermal2.3410
B920loose thermal1.6210
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 147 -
Rwork0.318 3179 -
obs--94.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9754-0.3251.4420.7877-1.13295.40590.081-0.176-0.0126-0.0334-0.10850.14270.02920.03340.02750.0823-0.02410.02870.0452-0.05350.0857-6.933458.621413.5763
27.05620.6068-2.52671.1725-0.96363.92620.2405-0.22690.65990.00190.07670.3185-0.32380.1565-0.31720.0756-0.01550.01820.02690.00250.1349-9.508556.00067.7572
30.5663-0.3442-0.06671.2978-0.55880.72840.0326-0.0567-0.0171-0.08440.02020.09310.04830.0057-0.05280.0864-0.00480.01340.0379-0.01590.1037-11.346947.400510.0855
43.86190.9355-2.111.43450.79056.5636-0.0208-0.1519-0.2130.1918-0.0691-0.14960.27450.24220.08990.09660.052-0.01280.06680.02870.05525.54979.240416.0243
50.08330.08790.25090.64990.14081.06650.02770.01390.04070.0144-0.0372-0.05520.02970.04740.00950.07970.04260.01470.0907-0.00060.11395.955418.92979.6673
62.4278-1.5698-0.81182.28380.63910.70010.0448-0.19460.20190.07730.0598-0.087-0.06550.0883-0.10460.09950.0110.00640.0632-0.01220.07134.790427.054915.7195
74.08141.88071.88124.29482.61124.8479-0.20430.27640.0248-0.04420.1027-0.0059-0.09190.20.10160.0739-0.05330.02790.068500.043910.607664.638913.5314
88.03884.7702-0.42173.083-0.09654.26540.03790.45210.03510.01750.2758-0.0045-0.0856-0.0259-0.31370.0167-0.00690.03080.0617-0.03370.077614.263161.215519.4641
90.746-0.7964-1.11262.66851.30751.9445-0.01630.0541-0.1373-0.01970.052-0.021-0.04310.1642-0.03570.01-0.0470.03920.2231-0.19650.227921.214756.424316.1735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2A241 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3A276 - 342
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5B256 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6B314 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7C0 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8C241 - 278
9X-RAY DIFFRACTION9C279 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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