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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qva | ||||||
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タイトル | Structure of Klebsiella pneumoniae 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
要素 | Transthyretin-like protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Transthyretin-related protein / 5-hydroxyisourate hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / purine nucleobase metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å | ||||||
データ登録者 | French, J.B. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structural and kinetic insights into the mechanism of 5-hydroxyisourate hydrolase from Klebsiella pneumoniae. 著者: French, J.B. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qva.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qva.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qva_validation.pdf.gz | 468 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qva_full_validation.pdf.gz | 474 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qva_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qva_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/3qva | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12441.810 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌) 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: HpxT, KPN78578_16360, KPN_01666 / プラスミド: Pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A6T926 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M imidazole pH 7.5-8.5, 0.5 - 1.0 M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: focusing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.755→73.272 Å / Num. all: 45752 / Num. obs: 45752 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.229 / Net I/σ(I): 18.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.755→73.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.122 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.18 Å2 / Biso mean: 18.8049 Å2 / Biso min: 8.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.755→73.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.755→1.801 Å / Total num. of bins used: 20
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