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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qul
タイトルCrystal structures of the murine class I major histocompatibility complex H-2Db in complex with LCMV-derived gp33 altered peptide ligand (Y4S)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードIMMUNE SYSTEM / Murine MHC / LCMV / receptor binding / beta2-microglobulin / T cell recognition / T cell receptor / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Allerbring, E. / Duru, A.D. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Grimm, S. / Tomek, M.B. / Mazumdar, P.A. / Spetz, A. / Friemann, R. / Sandalova, T. ...Allerbring, E. / Duru, A.D. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Grimm, S. / Tomek, M.B. / Mazumdar, P.A. / Spetz, A. / Friemann, R. / Sandalova, T. / Uhlin, M. / Nygren, P. / Achour, A.
引用ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Unexpected T-cell recognition of an altered peptide ligand is driven by reversed thermodynamics.
著者: Allerbring, E.B. / Duru, A.D. / Uchtenhagen, H. / Madhurantakam, C. / Tomek, M.B. / Grimm, S. / Mazumdar, P.A. / Friemann, R. / Uhlin, M. / Sandalova, T. / Nygren, P.A. / Achour, A.
履歴
登録2011年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Structure summary
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,04512
ポリマ－179,04512
非ポリマー00
水16,484915
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
4
J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.041, 122.697, 99.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21E
31H
41K
12A
22D
32G
42J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEMETMET5BB1 - 991 - 99
21ILEILEMETMET5EE1 - 991 - 99
31ILEILEMETMET5HH1 - 991 - 99
41ILEILEMETMET5KK1 - 991 - 99
12GLYGLYGLUGLU4AA1 - 2751 - 275
22GLYGLYGLUGLU4DD1 - 2751 - 275
32GLYGLYGLUGLU4GG1 - 2751 - 275
42GLYGLYGLUGLU4JJ1 - 2751 - 275

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 25-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: Pet3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: Pet3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 969.135 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 33-41 / Mutation: Y4S, C9M / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in LCMV
由来: (合成) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
参照: UniProt: P07399
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris HCl pH 9.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→96.7 Å / Num. all: 150031 / Num. obs: 150031 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 19978 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 56.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SU7

1su7


解像度: 2→51.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.009 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23441 7177 5 %RANDOM
Rwork0.20762 ---
obs0.20898 135615 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.481 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→51.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12305 0 0 915 13220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02113013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.93717698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.809321816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93751540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61923.343673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.485152166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.28615106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.57674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.53047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.438212435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80335339
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0244.55263
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B528MEDIUM POSITIONAL0.280.5
12E528MEDIUM POSITIONAL0.30.5
13H528MEDIUM POSITIONAL0.160.5
14K528MEDIUM POSITIONAL0.170.5
11B751LOOSE POSITIONAL0.615
12E751LOOSE POSITIONAL0.75
13H751LOOSE POSITIONAL0.545
14K751LOOSE POSITIONAL0.535
11B528MEDIUM THERMAL1.412
12E528MEDIUM THERMAL2.832
13H528MEDIUM THERMAL1.632
14K528MEDIUM THERMAL3.292
11B751LOOSE THERMAL1.5410
12E751LOOSE THERMAL2.7410
13H751LOOSE THERMAL1.7210
14K751LOOSE THERMAL3.1710
21A3445MEDIUM POSITIONAL0.540.5
22D3445MEDIUM POSITIONAL0.620.5
23G3445MEDIUM POSITIONAL0.390.5
24J3445MEDIUM POSITIONAL0.430.5
21A3445MEDIUM THERMAL0.782
22D3445MEDIUM THERMAL0.782
23G3445MEDIUM THERMAL0.412
24J3445MEDIUM THERMAL0.392
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 521 -
Rwork0.258 10111 -
obs--99.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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