PDB-3qu8: Crystal structure of a human cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qu8

タイトル

Crystal structure of a human cytochrome P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with the inhibitor 4-(4-Nitrobenzyl)pyridine.

要素

Cytochrome P450 2B6

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / P450 / CYTOCHROME P450 2B6 / MONOOXYGENASE / MEMBRANE PROTEIN / CYP2B6 / ENDOPLASMIC RETICULUM / HEME / IRON / MEMBRANE / METAL BINDING / MICROSOME / PHOSPHOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Shah, M.B. / Pascual, J. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2011
タイトル: Structures of Cytochrome P450 2B6 Bound to 4-Benzylpyridine and 4-(4-Nitrobenzyl)pyridine: Insight into Inhibitor Binding and Rearrangement of Active Site Side Chains.
著者: Shah, M.B. / Pascual, J. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.

履歴

登録	2011年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

THE RESIDUES 3-21 (LSVLLFLALLTGLLLLLVQ) OF CORRESPONDING DATABASE REFERENCE SEQUENCE (UNP P20813) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qu8.cif.gz	557.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qu8.ent.gz	462.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qoaC 3ibdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e4e-1 3me6-3 4zv8-d 5wbg-5 2q6n-2 3lc4-1 3gph-2 1og5-2 3tmz-d 2pg5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2B6

B: Cytochrome P450 2B6

C: Cytochrome P450 2B6

D: Cytochrome P450 2B6

E: Cytochrome P450 2B6

F: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

337 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Cytochrome P450 2B6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.880, 101.880, 299.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	28 - 492
2	1	1	2	B	28 - 492
3	1	1	2	C	28 - 492
4	1	1	2	D	28 - 492
5	1	1	2	E	28 - 492
6	1	1	2	F	28 - 492

#1: タンパク質	Cytochrome P450 2B6 分子量: 54646.004 Da / 分子数: 6 / 断片: Cytochrome P450 2B6, residues 3-21 deleted 変異: E2A, R22K, H23K, P24T, N25S, T26S, H27K, D28G, R29K, Y226H, K262R 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P20813, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-3QU / 4-(4-nitrobenzyl)pyridine 分子量: 214.220 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5 / 5-シクロヘキシルペンチルβ-マルトシド分子量: 494.573 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7 詳細: 0.15 M DL-Malic Acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→84.6 Å / Num. obs: 76085 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.368 / % possible all: 78.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IBD

3ibd

解像度: 2.8→50.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 16.814 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3815	5 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.22	72191	88.9 %	-
all	-	81196	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0.37 Å²	0 Å²
2-	-	0.74 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22228	0	586	150	22964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	23471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	2.02	31828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.345	5	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.135	22.865	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.436	15	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.867	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	17806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.613	1.5	13760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.24	2	22291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.884	3	9711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.337	4.5	9537
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1792	tight positional	0.07	0.05
2	B	1792	tight positional	0.06	0.05
3	C	1792	tight positional	0.07	0.05
4	D	1792	tight positional	0.06	0.05
5	E	1792	tight positional	0.06	0.05
6	F	1792	tight positional	0.07	0.05
1	A	1818	medium positional	0.09	0.5
2	B	1818	medium positional	0.07	0.5
3	C	1818	medium positional	0.07	0.5
4	D	1818	medium positional	0.07	0.5
5	E	1818	medium positional	0.08	0.5
6	F	1818	medium positional	0.08	0.5
1	A	1792	tight thermal	0.13	0.5
2	B	1792	tight thermal	0.13	0.5
3	C	1792	tight thermal	0.14	0.5
4	D	1792	tight thermal	0.12	0.5
5	E	1792	tight thermal	0.13	0.5
6	F	1792	tight thermal	0.21	0.5
1	A	1818	medium thermal	0.14	2
2	B	1818	medium thermal	0.14	2
3	C	1818	medium thermal	0.15	2
4	D	1818	medium thermal	0.13	2
5	E	1818	medium thermal	0.14	2
6	F	1818	medium thermal	0.21	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	242	-
R_work	0.305	4529	-
obs	-	-	75.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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