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- PDB-3qu2: Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qu2
タイトルCrystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaomicron, a closed cap conformation
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PYROPHOSPHATASE / MAGNESIUM BINDING SITE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...: / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Huang, H. / Toro, R. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Divergence of Structure and Function in the Haloacid Dehalogenase Enzyme Superfamily: Bacteroides thetaiotaomicron BT2127 Is an Inorganic Pyrophosphatase.
著者: Huang, H. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Farelli, J.D. / Pandya, C. / Almo, S.C. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Database references
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
D: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,09318
ポリマ－108,0324
非ポリマー1,06214
水11,692649
1
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
D: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6259
ポリマ－54,0162
非ポリマー6097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
D: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,87714
ポリマ－81,0243
非ポリマー85311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
D: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,77714
ポリマ－81,0243
非ポリマー75311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
C: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
D: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,77714
ポリマ－81,0243
非ポリマー75311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.602, 71.761, 114.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHRAA6 - 11325 - 132
21LYSLYSTHRTHRBB6 - 11325 - 132
31LYSLYSTHRTHRCC6 - 11325 - 132
41LYSLYSTHRTHRDD6 - 11325 - 132
12GLUGLUMETMETAA122 - 223141 - 242
22GLUGLUMETMETBB122 - 223141 - 242
32GLUGLUMETMETCC122 - 223141 - 242
42GLUGLUMETMETDD122 - 223141 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
INORGANIC PYROPHOSPHATASE


分子量: 27007.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_2127 / 参照: UniProt: Q8A5V9, inorganic diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 663分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 30% PEG4000, 200MM AMMONIUM ACETATE, 5MM MAGNESIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→40 Å / Num. obs: 79445 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 24.835 Å2 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DV9

3dv9


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.352 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27521 2349 3 %RANDOM
Rwork0.23243 ---
obs0.23371 75978 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6888 0 66 649 7603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.9799869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.545942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77125.338311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.157151297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.9541520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1630.33618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.54927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.51120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.3104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8351.54631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.35827236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.27733000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.1784.52602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1816medium positional0.30.5
1816medium positional0.240
1816medium positional0.310
1816medium positional0.210
2729medium positional0.340.5
2729medium positional0.360
2729medium positional0.350
2729medium positional0.370
1816medium thermal4.461.5
1816medium thermal4.780
1816medium thermal4.840
1816medium thermal4.680
2729medium thermal4.721.5
2729medium thermal4.80
2729medium thermal4.280
2729medium thermal4.850
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 177 -
Rwork0.276 5586 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.55480.3781-0.23821.5307-0.41241.4905-0.02850.0840.0609-0.14690.05810.13520.1036-0.1607-0.0296-0.127-0.0197-0.0086-0.09430.0343-0.10765.03461.87537.18
21.163-0.5403-0.24820.8606-0.17571.1460.00810.0861-0.1042-0.09310.02150.12580.0372-0.1008-0.0295-0.1058-0.0252-0.0171-0.07870.0203-0.079113.58573.8977.615
31.4745-0.2906-0.19391.4990.39131.5378-0.0187-0.0760.07540.14320.0505-0.13690.1010.1624-0.0317-0.12780.0228-0.009-0.0936-0.0312-0.10648.15961.86417.924
41.10310.551-0.21520.83010.18231.0755-0.0017-0.1025-0.10790.07450.0119-0.1470.04940.1079-0.0101-0.10650.0279-0.0187-0.0824-0.0139-0.077339.58273.89147.394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 225
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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