PDB-3qte: Crystal structure of human alpha-defensin 6 (H27W mutant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qte

タイトル

Crystal structure of human alpha-defensin 6 (H27W mutant)

要素

Defensin-6

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Paneth cells defensin / HD6 / human alpha defensin

機能・相同性

機能・相同性情報

disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / Alpha-defensins / defense response to fungus / transport vesicle / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Pazgier, M. / Lu, W.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Human alpha-defensin 6 promotes mucosal innate immunity through self-assembled peptide nanonets.
著者: Chu, H. / Pazgier, M. / Jung, G. / Nuccio, S.P. / Castillo, P.A. / de Jong, M.F. / Winter, M.G. / Winter, S.E. / Wehkamp, J. / Shen, B. / Salzman, N.H. / Underwood, M.A. / Tsolis, R.M. / ...

履歴

登録	2011年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qte.cif.gz	65.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qte.ent.gz	50 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qte_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qte_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	3qte_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	3qte_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/3qte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/3qte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmqS 1zmp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4du0-2 4e86-8 6k51-d 2mel-d 6vh8-d 6k50-d 4e86-7 1zmq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Defensin-6

B: Defensin-6

C: Defensin-6

D: Defensin-6

ヘテロ分子

15.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Defensin-6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Defensin-6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Defensin-6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.86 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Defensin-6

登録者が定義した集合体
3.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: Defensin-6

B: Defensin-6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
7.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

C: Defensin-6

ヘテロ分子

D: Defensin-6

ソフトウェアが定義した集合体
7.63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.774, 32.675, 54.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Defensin-6 / Defensin / alpha 6 分子量: 3767.367 Da / 分子数: 4 / 断片: Processed peptide (UNP Residues 69-100) / 変異: H95W / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01524
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.47 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M imidazole, pH 6.5, 1M Na acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→50 Å / Num. all: 8330 / Num. obs: 8258 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.949→1.98 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.504 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZMQ

1zmq

解像度: 1.949→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.611 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.0449 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24665	384	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19243	-	-	-
obs	0.19487	7856	98.68 %	-
all	-	8330	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.85 Å²	0 Å²	33.81 Å²
2-	-	-14.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1036	0	8	39	1083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.816	1.902	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.923	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.097	19.167	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.871	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.844	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.998	1.5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.839	2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.838	3	449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.352	4.5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	23	-
R_work	0.245	494	-
obs	-	-	85.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6245	0.6643	-0.3728	2.3162	-0.5476	0.3755	-0.0345	0.0566	-0.1277	0.0594	0.008	0.0391	-0.0313	-0.0971	0.0264	0.0918	0.0088	-0.0488	0.0788	0.0039	0.1305	-14.2025	-6.5237	-5.8372
2	1.0281	1.361	-0.2522	1.9313	-0.7708	1.7353	0.0793	0.0984	-0.1252	0.0298	0.0962	-0.1388	0.107	-0.034	-0.1756	0.1427	0.1075	0.0458	0.0926	0.0437	0.0992	-17.8555	9.6511	-16.2589
3	0.4538	0.6111	-0.7211	2.4285	-0.2257	1.4974	-0.0183	0.035	-0.0252	-0.0717	-0.0403	0.0518	0.0157	-0.1086	0.0586	0.0695	-0.0105	-0.0805	0.0815	-0.0014	0.1157	-31.0067	11.4145	-5.9499
4	1.9801	-0.6285	1.179	1.1509	-1.5166	2.2731	-0.0111	0.1973	-0.0566	-0.0518	-0.0589	-0.1373	-0.0007	-0.03	0.07	0.0865	0.0364	-0.0127	0.1245	0.037	0.0996	-34.6746	-6.2572	-16.9398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	34 - 38
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	33 - 42

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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