PDB-3qsj: Crystal structure of NUDIX hydrolase from Alicyclobacillus acidoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qsj

タイトル

Crystal structure of NUDIX hydrolase from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

NUDIX hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Michalska, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NUDIX hydrolase from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Michalska, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qsj.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qsj.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qsj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qsj_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qsj_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	3qsj_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	3qsj_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/3qsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/3qsj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t5p-1 3c5h-d 1lec-d 4f6z-d 5inm-2 4crf-d 2qhu-d 1mct-d 5ufm-2 2r55-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100290

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NUDIX hydrolase

ヘテロ分子

25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.844, 82.152, 36.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	NUDIX hydrolase 分子量: 25111.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア) 株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_1025 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: C8WVE1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris/HCl, 23% PEG4K, 5% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 25693 / Num. obs: 25239 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9426 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9342 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2047	1282	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1762	25138	97.8 %	-
all	-	25138	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.9529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1371 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8158 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.181 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1669	0	19	190	1878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	1804	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.18	2460	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		622	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		38	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		273	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1804	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.84
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		238	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2259	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.77 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	142	5.17 %
R_work	0.1997	2602	-
all	0.2019	2744	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3491	-0.4595	0.0965	1.089	-0.2471	3.2136	0.0172	0.0465	-0.0662	-0.0194	0.0193	0.1311	0.1463	-0.2784	-0.0364	-0.0503	-0.0083	0.0001	0.0206	-0.0021	-0.032	55.6165	8.1203	25.3937
2	2.991	-0.4749	-0.0749	0.2915	0.1862	0.5576	-0.0525	0.0865	0.1921	-0.0561	0.0138	0.003	-0.1164	-0.1143	0.0386	-0.0094	0.0206	-0.0123	0.0191	-0.0018	-0.0103	58.431	15.5633	18.9754
3	1.4359	-0.651	0.0313	0.7384	0.0272	1.3603	-0.0314	-0.0013	0.2482	0.0081	0.0082	-0.1303	-0.1113	-0.0233	0.0232	-0.0331	0.0023	-0.0088	-0.0361	0.0084	-0.0078	67.9416	16.0583	23.5582
4	1.1012	-0.2151	0.3239	1.2986	0.302	0.5945	0.0736	0.0231	0.0948	-0.0281	-0.0672	0.1015	-0.0522	-0.0597	-0.0064	-0.0303	0.018	0.0034	-0.0138	0.0009	-0.0411	62.759	9.9436	19.247
5	3.5688	-0.4481	0.9987	2.5006	-0.1363	1.2953	-0.1339	-0.3419	0.1506	0.262	0.1528	0.0065	-0.109	-0.2052	-0.0189	-0.0159	0.0334	0.0108	0.0674	-0.0126	-0.0491	56.7875	13.7426	33.8564
6	2.4609	-1.876	0.1683	1.7958	0.0703	1.8415	0.0261	-0.0278	-0.5442	0.0521	0.057	0.4401	0.2846	-0.363	-0.0832	-0.0606	-0.0528	-0.0002	-0.0094	0.0271	0.028	52.6534	-0.227	27.2522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|0 - A\|28}	A	0 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|29 - A\|60}	A	29 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|61 - A\|115}	A	61 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|116 - A\|159}	A	116 - 159
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|160 - A\|181}	A	160 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|182 - A\|221}	A	182 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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