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万見
- PDB-3qrl: Crystal Structure of the Taf14 YEATS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qrl
タイトルCrystal Structure of the Taf14 YEATS domain
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 14
キーワードNUCLEAR PROTEIN / YEATS domain / Ig fold / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / SWI/SNF complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / SWI/SNF complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Immunoglobulin-like ...SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Transcription initiation factor TFIID subunit 14
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Simpson, P.J. / Warren, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Taf14 YEATS domain
著者: Simpson, P.J. / Warren, A.J.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2012
ポリマ－16,0511
非ポリマー1501
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.019, 113.019, 26.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling ...Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit TAF14 / SWI/SNF complex 29 kDa subunit / SWI/SNF complex subunit TAF14 / TBP-associated factor 14 / TBP-associated factor 30 kDa / Transcription factor G 30 kDa subunit / Transcription initiation factor TFIIF 30 kDa subunit


分子量: 16051.319 Da / 分子数: 1 / 断片: YEATS Domain (UNP Residues 1-137) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: Y5563 / 遺伝子: ANC1, CST10, SWP29, TAF14, TAF30, TFG3, YPL129W / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P35189
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 42.5% (v/v) PEG-600, 100 mM Sodium Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→32.626 Å / Num. obs: 21602 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3130 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.626 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.36 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23508 1104 5.1 %RANDOM
Rwork0.18757 ---
obs0.18988 20494 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å2-0.98 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 10 139 1265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9791606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8025142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47824.46456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32615204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.687157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.022897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1911.5701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.39321162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9283477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0914.5441
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 74 -
Rwork0.346 1514 -
obs-1514 99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.8028 Å / Origin y: 53.3179 Å / Origin z: 1.8264 Å
111213212223313233
T0.0677 Å2-0.0044 Å2-0.0316 Å2-0.1373 Å20.0234 Å2--0.0829 Å2
L5.515 °2-1.1602 °2-0.4711 °2-1.2033 °2-0.0714 °2--0.1726 °2
S-0.036 Å °0.106 Å °0.3224 Å °0.0645 Å °-0.0011 Å °-0.1772 Å °-0.081 Å °0.0342 Å °0.037 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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