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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qqv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from corynebacterium glutamicum complexed with isoprenyl diphosphate and magnesium | ||||||
要素 | Geranylgeranyl pyrophosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / GERANYLGERANYL PYROPHOSPHATE SYNTHASE / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dimethylallyltranstransferase / isoprenoid biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Poulter, C.D. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily. 著者: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qqv.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qqv.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qqv_validation.pdf.gz | 455.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qqv_full_validation.pdf.gz | 457.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qqv_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qqv_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/3qqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/3qqv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3lomC 3lvsC 3mzvC 3nf2C 3oyrC 3p41C 3p8lC 3p8rC 3pdeC 3pkoC 3q1oC 3q2qC 3rmgC 3ts7C 3ucaC 4dhdC 4f62C 4fp4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41478.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl2172 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q8NNM1, dimethylallyltranstransferase |
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-非ポリマー , 5種, 152分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-UNL / | 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15M POTASSIUM BROMIDE, PH 7.5, 30% PEG MME2000, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 30934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 41.976 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.319 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.987 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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