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- PDB-3qqi: Crystal structure of the HA1 receptor binding domain of H2 hemagg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqi
タイトルCrystal structure of the HA1 receptor binding domain of H2 hemagglutinin
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of an Early Fusion Intermediate of Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0586
ポリマ－49,1392
非ポリマー9194
水11,097616
1
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0293
ポリマ－24,5701
非ポリマー4602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0293
ポリマ－24,5701
非ポリマー4602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.629, 62.318, 66.034
Angle α, β, γ (deg.)64.250, 80.040, 72.120
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 24569.625 Da / 分子数: 2 / 断片: HA1 receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Japan/305/1957 H2N2 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C7S226
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 1.25 Sodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 8.1, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 1.9 % / Av σ(I) over netI: 11.5 / 数: 112600 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 60290 / % possible obs: 94.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.555096.910.0371.0411.9
2.823.5597.710.051.0061.9
2.462.8297.310.0591.0381.9
2.242.4696.910.0690.9761.9
2.082.2496.510.0831.0361.9
1.962.0896.610.0921.0951.9
1.861.9696.210.1231.0511.9
1.781.8694.710.1571.0711.8
1.711.7891.510.2071.0861.8
1.651.7183.810.2441.0921.6
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 60290 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.711.60.24453121.09283.8
1.71-1.781.80.20758581.08691.5
1.78-1.861.80.15759991.07194.7
1.86-1.961.90.12361481.05196.2
1.96-2.081.90.09261271.09596.6
2.08-2.241.90.08361251.03696.5
2.24-2.461.90.06961500.97696.9
2.46-2.821.90.05961991.03897.3
2.82-3.551.90.0562141.00697.7
3.55-501.90.03761581.04196.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_FRF
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9439 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9261 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 3056 5.08 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.201 60214 --
原子変位パラメータBiso max: 110.61 Å2 / Biso mean: 26.9027 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.251 Å21.1955 Å20.0121 Å2
2--0.3335 Å21.9371 Å2
3----1.5845 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.204 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 58 616 4126
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12612
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes882
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5285
X-RAY DIFFRACTIONt_it363420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4635
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact45574
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d363420.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg494321.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.96
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 193 4.94 %
Rwork0.2303 3713 -
all0.2313 3906 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1522-0.4629-0.12960.8120.28480.43960.02330.01120.0191-0.0303-0.0413-0.02860.02810.0170.0179-0.0017-0.00860.018-0.0040.00420.01215.3139-25.3004-6.0786
21.09820.3288-0.05570.82080.15640.33870.0338-0.0127-0.01560.0388-0.0377-0.0293-0.0250.01380.0039-0.0124-0.01060.0084-0.01740.0036-0.000515.4329-57.058119.5309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|48 - A|266 }A48 - 266
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|48 - B|266 }B48 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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