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- PDB-3qom: Crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from Lactobacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qom
タイトルCrystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from Lactobacillus plantarum
要素6-phospho-beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / beta-D-glucopyranose / PHOSPHATE ION / 6-phospho-beta-glucosidase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Michalska, K. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Kohler, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria.
著者: Michalska, K. / Tan, K. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月2日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4247
ポリマ－55,8051
非ポリマー6196
水10,629590
1
A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子

A: 6-phospho-beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,84914
ポリマ－111,6112
非ポリマー1,23812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.647, 150.647, 95.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-482-

PO4

21A-484-

ACT

31A-484-

ACT

41A-507-

HOH

51A-769-

HOH

61A-947-

HOH

71A-981-

HOH

詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 6-phospho-beta-glucosidase


分子量: 55805.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: WCFS1 / 遺伝子: pbg1, lp_0440 / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic
参照: UniProt: Q88ZA9, UniProt: F9UU25*PLUS, 6-phospho-beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.8 M NaH2PO4/1.2 M K2HPO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791829 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791829 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 102436 / Num. obs: 102382 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 33.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5046 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_601)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.498→31.048 Å / SU ML: 0.16
Isotropic thermal model: anisotropic for protein atoms, isotropic for solvent
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 10.59 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1341 1031 1.01 %RANDOM
Rwork0.1183 ---
all0.1184 102345 --
obs0.1184 102345 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.72 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2198 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.2198 Å20 Å2
3----0.4396 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→31.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 36 590 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4555647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3241497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4975-1.57650.21651500.187114119X-RAY DIFFRACTION99
1.5765-1.67520.15331400.124814342X-RAY DIFFRACTION100
1.6752-1.80460.12681560.091614348X-RAY DIFFRACTION100
1.8046-1.98610.1371400.097114402X-RAY DIFFRACTION100
1.9861-2.27350.14971370.113714466X-RAY DIFFRACTION100
2.2735-2.8640.14421400.115414601X-RAY DIFFRACTION100
2.864-31.05490.11111680.123515036X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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