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- PDB-3qna: Crystal structure of a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qna
タイトルCrystal structure of a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homologue from Esherichia coli complexed sepiapterin
要素6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
キーワードLYASE / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / Bh4 synthase / Zn / sepaitperin
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxytetrahydropterin synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOPTERIN / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seo, K.H. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis of a novel activity of bacterial 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homologues distinct from mammalian 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity.
著者: Seo, K.H. / Zhuang, N. / Park, Y.S. / Park, K.H. / Lee, K.H.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
C: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
D: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
E: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
F: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,40918
ポリマ－95,5936
非ポリマー1,81612
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13000 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.714, 115.882, 155.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 119
2114B1 - 119
3114C1 - 119
4114D1 - 119
5114E1 - 119
6114F1 - 119

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要素

#1: タンパク質
6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase / 6-carboxyterahydropterin synthase / PTPS


分子量: 15932.183 Da / 分子数: 6 / 変異: C27A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: EcDH1_0923 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(ED3)
参照: UniProt: C6EJA7, UniProt: A0A140N8U9*PLUS, 6-carboxytetrahydropterin synthase
#2: 化合物
ChemComp-BIO / BIOPTERIN


分子量: 237.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N5O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.16M tri-ammonium citrate pH 7.0, 16% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 6C111
シンクロトロンPAL/PLS 6B21.1123
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2009年5月22日
ADSC QUANTUM 2102CCD2007年10月24日
放射モノクロメーター: BRUKER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.11231
反射解像度: 2.496→92.851 Å / Num. all: 35585 / Num. obs: 35585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.496→92.851 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. unique all: 35585 / Rsym value: 0.069 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QN9

3qn9


解像度: 2.5→92.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.898 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23029 33805 5 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.18399 35585 --
all-35585 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→92.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5658 0 108 75 5841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0215952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9221.9618118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8525702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02323.023258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4215930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2051530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.53540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89625748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07632412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7594.52370
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 944 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.330.5
Bmedium positional0.350.5
Cmedium positional0.360.5
Dmedium positional0.320.5
Emedium positional0.280.5
Fmedium positional0.370.5
Amedium thermal12
Bmedium thermal1.642
Cmedium thermal1.052
Dmedium thermal0.972
Emedium thermal1.212
Fmedium thermal1.032
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 131 -
Rwork0.225 2416 -
obs--98.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9340.27660.4970.56370.18190.1229-0.0653-0.122-0.10260.08090.05480.02270.00660.01630.01040.04260.0120.01620.11740.08260.061514.602738.721742.9776
21.10450.2553-0.84240.297-0.23710.8788-0.05350.01030.0207-0.0353-0.00350.01120.03130.03990.0570.0920.00230.01430.04950.04510.050214.12154.938121.3264
30.62-0.8930.69841.5653-0.69351.1422-0.01040.01540.02960.02020.0049-0.0740.0050.06880.00550.0361-0.0021-0.02930.10730.07430.080737.795547.049631.8127
40.36010.2116-0.72730.6426-0.57142.6811-0.06230.029-0.13-0.02590.04560.0163-0.029-0.07380.01670.0401-0.03220.03640.08250.03760.12626.858124.698219.5306
52.61240.76760.05811.00670.30820.1729-0.01540.0099-0.10180.05510.0396-0.02150.07660.0416-0.02420.05780.0252-0.02510.07140.0650.114432.703519.801226.1473
61.3102-0.81030.58111.172-0.34730.7403-0.00150.0610.0122-0.0091-0.0128-0.02120.04930.06540.01430.11130.03080.02620.07480.04410.028826.809835.56854.9845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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