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万見
- PDB-3qn9: Crystal structure of a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qn9
タイトルCrystal structure of a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homologue from Esherichia coli
要素6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / Bh4 synthase / Zn
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / queuosine biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Seo, K.H. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis of a novel activity of bacterial 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homologues distinct from mammalian 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity.
著者: Seo, K.H. / Zhuang, N. / Park, Y.S. / Park, K.H. / Lee, K.H.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / refine
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _refine.ls_number_reflns_R_free
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0594
ポリマ－31,9282
非ポリマー1312
水1086
1
A: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子

A: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
B: 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,17812
ポリマ－95,7856
非ポリマー3926
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area29790 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.589, 112.589, 68.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A2 - 119
2114B2 - 119

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要素

#1: タンパク質 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / PTPS


分子量: 15964.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: EcDH1_0923 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C6EJA7, UniProt: P65870*PLUS, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.5, Polyacryslic acid 5100 sodium salt, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.123 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月13日
放射モノクロメーター: BRUKER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.924→97.5 Å / Num. all: 10571 / Num. obs: 10571 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.231
反射 シェル解像度: 2.294→48.752 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique all: 10571 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OBA

2oba


解像度: 2.93→48.752 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 31.351 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26503 500 4.7 %RANDOM
Rwork0.2041 ---
all0.23 10068 --
obs0.207 10068 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.98 Å2-1.49 Å20 Å2
2---2.98 Å20 Å2
3---4.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→48.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 2 6 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.9422653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9235233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47923.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.09615314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5491510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7191.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37821913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8393772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9434.5740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.440.5
Bmedium thermal0.832
LS精密化 シェル解像度: 2.928→3.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 21 -
Rwork0.339 458 -
obs--57.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94961.42290.953.3421.40191.17510.0258-0.0131-0.0742-0.0386-0.0556-0.04410.0090.00830.02990.0871-0.03020.03320.10410.0280.2815-40.629232.0785-10.4242
25.3282-0.7388-2.50840.30910.63292.18690.1139-0.07540.22070.1038-0.0654-0.0926-0.0737-0.0247-0.04850.138-0.046-0.04210.1172-0.00890.2378-45.477844.070714.9019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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