PDB-4ntn: E.coli QueD, SeMet protein, 2A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ntn

タイトル

E.coli QueD, SeMet protein, 2A resolution

要素

6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

キーワード

LYASE / T-fold / 6-PTPS / queuosine biosynthesis enzyme / sepiapterin

機能・相同性

機能・相同性情報

6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxytetrahydropterin synthase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Bandarian, V. / Roberts, S.A. / Miles, Z.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Biochemical and Structural Studies of 6-Carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin Synthase Reveal the Molecular Basis of Catalytic Promiscuity within the Tunnel-fold Superfamily.
著者: Miles, Z.D. / Roberts, S.A. / McCarty, R.M. / Bandarian, V.

履歴

登録	2013年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ntn.cif.gz	289.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ntn.ent.gz	239.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ntn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ntkC 4ntmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ntk-d 3qn0-d 3qna-d 4ntm-d 3qn9-1 2oba-d 5zim-1 5zin-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

B: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

C: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

D: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

E: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

F: 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase

ヘテロ分子

84.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.080, 111.760, 161.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase / CPH4 synthase / Queuosine biosynthesis protein QueD 分子量: 13980.462 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2765, JW2735, queD, ygcM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P65870, 6-carboxytetrahydropterin synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 5% MPD, 50 mM sodium acetate, 40 mM CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→55.8 Å / Num. all: 66155 / Num. obs: 66142 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9592 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
Crystal	Clear	データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→55.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.803 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22219	3360	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20312	-	-	-
obs	0.2041	62782	99.83 %	-
all	-	62782	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→55.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5690	0	9	127	5826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.95	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.716	3	12799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.799	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.397	23.13	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.596	15	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.886	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	2.589	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.96	2.591	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.571	3.872	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.571	3.873	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.233	2.715	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.232	2.716	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.88	4.014	4479
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.404	20.883	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.404	20.889	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.045 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	255	-
R_work	0.303	4584	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8257	1.6621	-1.6355	1.5776	-1.4241	1.4427	0.1384	0.0165	0.1931	0.0812	0.0077	0.1444	0.0256	0.0545	-0.1461	0.1223	-0.0176	0.0292	0.1331	-0.005	0.0887	-10.317	19.803	31.97
2	3.5688	1.4082	0.1353	2.2282	0.1157	1.2145	-0.0172	0.1349	-0.1912	0.1262	0.014	-0.1735	0.0345	0.0925	0.0033	0.0431	-0.0168	-0.0142	0.0835	0.0457	0.0815	-7.699	14.97	32.146
3	0.8708	0.0015	0.1669	0.9988	0.7864	2.6394	-0.0261	0.0862	0.1627	0.0707	-0.0672	-0.0227	-0.0459	0.022	0.0933	0.0471	-0.0073	0.0493	0.1539	0.0189	0.1316	-2.071	41.93	21.823
4	16.8623	7.8106	9.5101	8.9496	3.8924	7.806	0.0416	-0.4487	-0.2349	0.091	0.2319	-0.3137	-0.0801	-0.1641	-0.2736	0.0724	0.0369	0.0599	0.1043	0.0013	0.0738	-1.595	33.134	24.855
5	3.0037	-2.4615	0.1703	4.8815	0.3196	0.192	0.0524	0.0788	0.0563	0.0483	-0.1255	0.0342	0.0848	-0.0861	0.0731	0.0712	-0.0438	0.052	0.1248	0.0149	0.0849	-33.581	22.73	26.987
6	2.9157	-1.8707	0.9899	1.9186	-0.2382	1.5514	-0.0729	-0.0552	0.063	-0.0506	0.0711	0.1295	-0.1138	-0.0286	0.0018	0.0657	-0.0467	0.0381	0.1366	0.0233	0.1697	-38.33	20.995	29.12
7	3.1227	3.1821	-0.4685	3.4564	-0.7499	1.1389	0.0688	0.1393	0.1077	0.0645	-0.0089	0.1641	-0.0551	-0.0793	-0.0599	0.0389	0.0384	0.0502	0.2029	-0.0232	0.0978	-22.496	29.721	9.242
8	4.4553	1.5286	-0.2611	2.303	-0.0156	1.3812	-0.0493	0.1678	-0.1874	-0.1002	0.0519	0.0306	0.0452	-0.1119	-0.0026	0.0454	-0.0009	0.0297	0.1518	-0.009	0.0405	-22.12	26.971	4.224
9	1.043	-1.0548	0.586	3.6414	-0.1163	0.447	0.0889	-0.1166	0.0557	0.0159	-0.0956	-0.0196	0.0462	-0.0601	0.0067	0.0616	-0.0224	0.0664	0.1358	-0.0137	0.0767	-15.711	38.143	41.472
10	2.967	-1.5881	0.6221	3.5696	-0.9115	1.2523	-0.047	-0.2667	-0.0303	0.2774	0.1175	0.0416	0.0403	-0.0734	-0.0705	0.1085	-0.0238	0.0501	0.0923	-0.0321	0.0487	-17.296	40.176	46.578
11	1.024	-0.5155	-0.3621	0.5057	0.9992	5.0319	0.0762	0.06	0.1441	0.0106	-0.0444	0.0705	0.0301	-0.2194	-0.0319	0.0645	0.0153	0.063	0.0965	-0.0034	0.2129	-31.033	44.893	22.785
12	1.6278	0.3794	1.0966	2.3818	1.1007	5.0127	-0.0599	0.077	0.1049	-0.2462	-0.084	0.1605	-0.2888	-0.008	0.1438	0.0724	0.036	0.0226	0.0542	-0.0122	0.1151	-33.343	49.57	21.251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	108 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	52 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	3 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	52 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 52
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	53 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	4 - 52
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	53 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)