PDB-3qmr: Crystal structure of the mutant R160A,V182A of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qmr

タイトル

Crystal structure of the mutant R160A,V182A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / tim barrel fold / 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3213 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qmr.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qmr.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qmr_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qmr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3qmr_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	3qmr_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m1z-d 3lhy-d 3lv5-d 3p60-d 3nqm-d 3qms-d 3rlu-d 3g1f-3 3nqc-d 4lc8-d 3pbv-d 3lhw-d 3g24-d 3g1f-5 3g1d-d 3qmt-d 4o8r-6 4nx5-d 3lht-d 3nq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.772, 64.070, 61.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24770.529 Da / 分子数: 2 / 変異: R160A,V182A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月3日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3213→42.016 Å / Num. all: 95690 / Num. obs: 95690 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.3213→42.016 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2471	4797	5.01 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
all	0.2318	95690	-	-
obs	0.2318	95690	97.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.874 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0207 Å²	-0 Å²	-2.2637 Å²
2-	-	2.4308 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4101 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3213→42.016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3299	0	44	340	3683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	4634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.755	1333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3213-1.3363	0.4147	108	0.3944	1893	X-RAY DIFFRACTION	62
1.3363-1.3521	0.3747	129	0.3678	2615	X-RAY DIFFRACTION	84
1.3521-1.3686	0.388	147	0.3506	2785	X-RAY DIFFRACTION	89
1.3686-1.3859	0.3469	154	0.3377	2855	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3859-1.4041	0.3377	143	0.3284	3027	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4041-1.4234	0.3364	179	0.3191	3062	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4234-1.4437	0.3223	172	0.2863	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4437-1.4652	0.2668	148	0.2505	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4652-1.4881	0.2801	154	0.2534	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4881-1.5125	0.2794	158	0.2445	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5125-1.5386	0.2751	148	0.2573	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5386-1.5666	0.2822	172	0.2511	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5666-1.5967	0.2853	180	0.2434	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5967-1.6293	0.2737	154	0.2362	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6293-1.6647	0.2567	176	0.2324	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7035	0.2551	151	0.2279	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7035-1.7461	0.2696	164	0.2247	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7461-1.7933	0.2538	160	0.217	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7933-1.8461	0.2284	155	0.2051	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8461-1.9056	0.2424	182	0.1997	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9056-1.9738	0.2329	178	0.205	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9738-2.0528	0.2242	146	0.2096	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0528-2.1462	0.2412	156	0.22	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1462-2.2593	0.2324	169	0.2128	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2593-2.4009	0.2453	180	0.2242	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4009-2.5862	0.276	173	0.2403	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5862-2.8464	0.2331	159	0.2505	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8464-3.2582	0.2624	160	0.2516	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2582-4.1044	0.2031	182	0.2016	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1044-42.0368	0.2107	160	0.2091	3203	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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