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- PDB-3qmn: Crystal Structure of 4'-Phosphopantetheinyl Transferase AcpS from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmn
タイトルCrystal Structure of 4'-Phosphopantetheinyl Transferase AcpS from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
要素Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich / acyl carrier protein / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / ACETATE ION / COENZYME A / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kim, Y. / Halavaty, A.S. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria.
著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年3月2日ID: 3OTA
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
D: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
E: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
F: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
G: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
H: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
I: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
J: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
K: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
L: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
M: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
N: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
O: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
P: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
Q: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
R: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
S: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
T: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
U: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
V: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
W: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
X: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,936134
ポリマ－341,85324
非ポリマー24,083110
水44,8032487
1
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,81819
ポリマ－42,7323
非ポリマー3,08716
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
E: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
F: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,72417
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,99214
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
H: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
I: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,66516
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,93313
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
K: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
L: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,70018
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,96815
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
N: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
O: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,01215
ポリマ－42,7323
非ポリマー3,28012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
Q: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
R: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,72417
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,99214
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
S: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
T: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
U: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,72417
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,99214
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
V: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
W: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
X: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,57015
ポリマ－42,7323
非ポリマー2,83812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.553, 139.039, 138.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質 ...
Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS


分子量: 14243.871 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: acpS, VC_2457 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q9KPB6, holo-[acyl-carrier-protein] synthase

-
非ポリマー , 8種, 2597分子

#2: 化合物...
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% MPD, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 20 mM Calcium Chloride, 5 mM Coenzyme A, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.55 Å / Num. all: 300465 / Num. obs: 300465 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.36 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)モデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
PHENIX1.6.2_432位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19127 15148 5 %RANDOM
Rwork0.15615 ---
obs0.15791 284976 99.24 %-
all-284976 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0 Å20.86 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23277 0 1442 2487 27206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02126400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7552.01435822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854343540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.24153274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.43123.5711193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.408154666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.19415238
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.23967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0229335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7451.515765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2291.56496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.463225164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.783310635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7124.510658
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 1070 -
Rwork0.24 20744 -
obs-20744 98.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50491.8359-0.54475.0901-1.50830.9886-0.13840.1024-0.1452-0.23640.13380.04680.1384-0.0110.00470.0502-0.02950.00170.0731-0.03510.061560.738316.907987.8049
22.11720.9455-0.71843.5883-1.82332.8305-0.0335-0.0617-0.46220.0862-0.0897-0.28930.12370.15260.12320.0281-0.0056-0.00170.0388-0.01860.171566.518914.273292.9203
32.0395-0.1299-0.46671.26450.06590.9717-0.03160.1605-0.2033-0.03390.0345-0.17390.08040.0948-0.00290.0257-0.01370.00150.0601-0.03270.101172.611923.924388.4886
43.62030.98922.36330.76170.6792.1023-0.0649-0.02660.1145-0.1256-0.01530.0937-0.0665-0.17920.08020.04-0.0113-0.00090.0794-0.00720.046849.909134.500678.1792
54.82391.50980.53493.84311.78254.4946-0.18610.5211-0.029-0.31520.210.0428-0.0480.323-0.02390.0633-0.0541-0.02540.2189-0.00580.020251.001431.379267.1777
61.6063-0.12830.37681.5288-0.12321.44-0.05490.38060.1404-0.12130.0901-0.0634-0.13960.1031-0.03510.0631-0.05720.00340.14390.0160.031561.899138.549575.7679
73.277-0.3743-1.54940.87590.55131.53290.0946-0.12750.18060.0786-0.03280.0119-0.0436-0.0211-0.06190.0411-0.01930.00460.0226-0.00050.047151.624540.0538101.7284
81.96340.14320.4850.82110.43141.92880.0475-0.02920.16280.03740.0085-0.0689-0.12330.106-0.0560.0448-0.03180.00720.0255-0.01630.071965.130342.587498.7651
914.18314.62170.30083.14930.38452.7837-0.19650.41760.0108-0.14270.1829-0.0677-0.0220.08120.01360.0598-0.0033-0.010.016-0.00580.036460.822336.162291.5401
103.30820.1551-2.38870.615-0.44792.590.04590.18270.0662-0.0279-0.0030.0555-0.0037-0.2004-0.04290.03780.02280.00460.03240.01130.07498.7067-4.014225.2064
111.08220.1109-0.20591.4440.09970.8189-0.0184-0.1582-0.05120.0525-0.00740.04770.05490.03770.02580.0630.04770.02180.07070.05070.071414.6998-9.115930.9668
122.1418-0.6699-0.6053.32740.23571.0590.048-0.00390.0925-0.1133-0.0424-0.3370.08160.0848-0.00560.08660.04920.01690.08530.04480.059822.3964-8.352523.0733
133.9686-0.63591.66570.5377-0.34332.3967-0.0410.17350.1743-0.0877-0.0149-0.042-0.1105-0.06330.05580.11390.03410.04550.03580.0450.096612.06098.18044.6365
145.74830.31041.80441.15270.0613.02130.01750.1386-0.3288-0.13740.03670.09160.0733-0.1144-0.05420.11090.03480.03140.03920.0260.0869.90030.00241.6872
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654.3793.29650.1864.2319-0.41432.83190.2987-0.32960.29570.5852-0.32690.0251-0.10390.04340.02820.2034-0.10050.05610.0943-0.05610.0969-20.730621.806254.3354
661.9879-0.2882-0.54091.89070.18541.35790.0954-0.17250.05820.2117-0.06080.1387-0.1121-0.0836-0.03470.1017-0.07110.06280.0965-0.04680.0542-30.13049.891755.6583
670.90570.06850.80340.9531-0.75934.12360.00280.10810.0249-0.1463-0.06410.04160.10310.2650.06130.0505-0.00640.03020.0469-0.01420.0562-27.839-0.35831.4224
681.1833-0.22270.6862.3926-1.60093.8031-0.00430.04150.1004-0.12140.10880.16390.0221-0.3845-0.10450.0403-0.03820.01790.1004-0.01050.049-36.67860.873530.0931
691.24530.6384-0.07382.1361-0.16712.41530.0532-0.0807-0.02860.0271-0.0590.12560.2371-0.24970.00580.0516-0.05650.02730.0828-0.01220.0571-36.6556-5.138341.6509
705.3883-0.9112-2.46411.15090.23371.51580.1544-0.15070.34250.019-0.0493-0.16470.07730.1025-0.10510.0926-0.03880.01230.1154-0.01260.0953-9.63990.033844.4818
713.0275-1.2891-2.06281.52691.34842.7232-0.0792-0.1531-0.18330.1634-0.0747-0.09380.30340.14190.15390.0961-0.01070.02810.10520.03450.1113-8.8844-8.19845.2378
722.1858-0.3090.2361.2914-0.29511.87580.0266-0.3096-0.18240.1522-0.04780.00230.1670.04890.02110.0785-0.04050.0270.08790.01520.0545-18.6223-8.699353.1632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3A64 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6B51 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7C0 - 52
8X-RAY DIFFRACTION8C53 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9C114 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10D0 - 24
11X-RAY DIFFRACTION11D25 - 89
12X-RAY DIFFRACTION12D90 - 125
13X-RAY DIFFRACTION13E0 - 30
14X-RAY DIFFRACTION14E31 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15E59 - 126
16X-RAY DIFFRACTION16F0 - 25
17X-RAY DIFFRACTION17F26 - 52
18X-RAY DIFFRACTION18F53 - 125
19X-RAY DIFFRACTION19G0 - 25
20X-RAY DIFFRACTION20G26 - 65
21X-RAY DIFFRACTION21G66 - 125
22X-RAY DIFFRACTION22H0 - 25
23X-RAY DIFFRACTION23H26 - 65
24X-RAY DIFFRACTION24H66 - 125
25X-RAY DIFFRACTION25I0 - 25
26X-RAY DIFFRACTION26I26 - 57
27X-RAY DIFFRACTION27I58 - 125
28X-RAY DIFFRACTION28J0 - 25
29X-RAY DIFFRACTION29J26 - 64
30X-RAY DIFFRACTION30J65 - 125
31X-RAY DIFFRACTION31K0 - 25
32X-RAY DIFFRACTION32K26 - 50
33X-RAY DIFFRACTION33K51 - 125
34X-RAY DIFFRACTION34L0 - 29
35X-RAY DIFFRACTION35L30 - 95
36X-RAY DIFFRACTION36L96 - 125
37X-RAY DIFFRACTION37M0 - 25
38X-RAY DIFFRACTION38M26 - 76
39X-RAY DIFFRACTION39M77 - 125
40X-RAY DIFFRACTION40N0 - 30
41X-RAY DIFFRACTION41N31 - 62
42X-RAY DIFFRACTION42N63 - 125
43X-RAY DIFFRACTION43O0 - 30
44X-RAY DIFFRACTION44O31 - 59
45X-RAY DIFFRACTION45O60 - 126
46X-RAY DIFFRACTION46P0 - 25
47X-RAY DIFFRACTION47P26 - 74
48X-RAY DIFFRACTION48P75 - 125
49X-RAY DIFFRACTION49Q0 - 25
50X-RAY DIFFRACTION50Q26 - 59
51X-RAY DIFFRACTION51Q60 - 125
52X-RAY DIFFRACTION52R0 - 21
53X-RAY DIFFRACTION53R22 - 57
54X-RAY DIFFRACTION54R58 - 125
55X-RAY DIFFRACTION55S1 - 30
56X-RAY DIFFRACTION56S31 - 58
57X-RAY DIFFRACTION57S59 - 125
58X-RAY DIFFRACTION58T0 - 25
59X-RAY DIFFRACTION59T26 - 60
60X-RAY DIFFRACTION60T61 - 125
61X-RAY DIFFRACTION61U0 - 23
62X-RAY DIFFRACTION62U24 - 74
63X-RAY DIFFRACTION63U75 - 125
64X-RAY DIFFRACTION64V0 - 25
65X-RAY DIFFRACTION65V26 - 52
66X-RAY DIFFRACTION66V53 - 125
67X-RAY DIFFRACTION67W1 - 25
68X-RAY DIFFRACTION68W26 - 61
69X-RAY DIFFRACTION69W62 - 125
70X-RAY DIFFRACTION70X1 - 25
71X-RAY DIFFRACTION71X26 - 64
72X-RAY DIFFRACTION72X65 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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