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- PDB-3qmg: Structural Basis of Selective Binding of Non-Methylated CpG islan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmg
タイトルStructural Basis of Selective Binding of Non-Methylated CpG islands by the CXXC Domain of CFP1
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3'
  • CpG-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


unmethylated CpG binding / XBP1(S) activates chaperone genes / Set1C/COMPASS complex / histone H3K4me3 reader activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / histone methyltransferase complex / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear matrix / nuclear speck ...unmethylated CpG binding / XBP1(S) activates chaperone genes / Set1C/COMPASS complex / histone H3K4me3 reader activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / : / histone methyltransferase complex / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear matrix / nuclear speck / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...CpG binding protein, C-terminal / CpG binding protein C-terminal domain / Spp1/CFP1 / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / CXXC-type zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xu, C. / Bian, C. / MacKenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: The structural basis for selective binding of non-methylated CpG islands by the CFP1 CXXC domain.
著者: Xu, C. / Bian, C. / Lam, R. / Dong, A. / Min, J.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CpG-binding protein
B: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0936
ポリマ－16,8563
非ポリマー2373
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.436, 74.910, 125.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CpG-binding protein / CXXC-type zinc finger protein 1 / PHD finger and CXXC domain-containing protein 1


分子量: 9527.962 Da / 分子数: 1 / 断片: CXXC-type Zn finger, residues 161-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP1, CGBP, CXXC1, PCCX1, PHF18 / プラスミド: BL21-V2R-pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9P0U4

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3'


分子量: 3688.405 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA (Nonmethylated CpG Island) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3'


分子量: 3639.367 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA (Nonmethylated CpG Island) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.

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非ポリマー , 3種, 13分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 6364

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QMB

3qmb


解像度: 2.3→62.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 15.011 / SU ML: 0.161 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27872 315 4.7 %RANDOM
Rwork0.21633 ---
obs0.21904 6364 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数406 486 9 10 911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0632.5881382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.558551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1052022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8181579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.486159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4011.5256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2352399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8413704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1994.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 28 -
Rwork0.352 447 -
obs--94.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34030.90332.08122.32561.90938.8878-0.0374-0.149-0.27080.10650.2488-0.04180.4318-0.1079-0.21140.1497-0.0583-0.02350.40970.0360.1625-4.1068-11.243722.103
22.99522.2772-0.498911.16271.62234.78810.2132-0.0418-0.1373-0.1519-0.41370.04730.2679-0.05380.20050.3075-0.1754-0.01750.3084-0.01180.221-4.5639-11.93898.6828
34.10922.4026-1.12577.6933-1.79853.90470.1759-0.2237-0.2982-0.5657-0.3555-0.3733-0.0725-0.21030.17960.3004-0.126-0.02310.30530.01330.2159-3.5112-12.62077.8738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2C-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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