+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qli | ||||||
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Title | Crystal Structure of RipA from Yersinia pestis | ||||||
Components | Coenzyme A transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / 4-HYDROXYBUTRYRATE COENZYME A TRANSFERASE / COENZYME A TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Torres, R. / Goulding, C.W. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: Biochemical, structural and molecular dynamics analyses of the potential virulence factor RipA from Yersinia pestis. Authors: Torres, R. / Swift, R.V. / Chim, N. / Wheatley, N. / Lan, B. / Atwood, B.R. / Pujol, C. / Sankaran, B. / Bliska, J.B. / Amaro, R.E. / Goulding, C.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qli.cif.gz | 187.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qli.ent.gz | 147.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qli.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qli_validation.pdf.gz | 449.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qli_full_validation.pdf.gz | 455.2 KB | Display | |
Data in XML | 3qli_validation.xml.gz | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3qli_validation.cif.gz | 50.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/3qli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/3qli | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50125.949 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9ZC36 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 8% tacsimate pH 5.0, 8% PEG 3350, 4% v/v 2,5-hexandiol and 1mM Succinyl coenzyme A , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC Q315 / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 71782 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 19.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→41.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8784 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.406 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.66 Å2 / Biso mean: 23.2988 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→41.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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