PDB-3qkc: CRYSTAL STRUCTURE OF geranyl diphosphate synthase small subunit f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qkc

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF geranyl diphosphate synthase small subunit from Antirrhinum majus

要素

Geranyl diphosphate synthase small subunit

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

dimethylallyltranstransferase / dimethylallyltranstransferase activity / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Geranyl diphosphate synthase small subunit

機能・相同性情報

生物種

Antirrhinum majus (キンギョソウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of geranyl diphosphate synthase small subunit from Antirrhinum majus
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qkc.cif.gz	205.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qkc.ent.gz	165.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qkc_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qkc_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	3qkc_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3qkc_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2j5c-1 3lgx-4 2ush-1 5c8b-d 6dht-d 3vh4-d 6xqk-d 3dhv-d 4c7j-1 1aln-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-20102b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Geranyl diphosphate synthase small subunit

A: Geranyl diphosphate synthase small subunit

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.199, 48.789, 61.593
Angle α, β, γ (deg.)	66.690, 89.280, 89.980
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Geranyl diphosphate synthase small subunit 分子量: 30000.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Antirrhinum majus (キンギョソウ) 遺伝子: AAS82859 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q6QLV2, dimethylallyltranstransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Geranyl diphosphate synthase small subunit

分子量: 30000.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Antirrhinum majus (キンギョソウ)
遺伝子: AAS82859 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q6QLV2, dimethylallyltranstransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.4 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.9 % / Av σ(I) over netI: 23.18 / 数: 80462 / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 2.5 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28005 / % possible obs: 97.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.56	50	96.4	1	0.06	11.138	2.9
4.42	5.56	98.8	1	0.047	6.158	2.8
3.86	4.42	98.5	1	0.042	3.672	2.9
3.51	3.86	98.8	1	0.048	3.449	2.9
3.25	3.51	98.6	1	0.055	2.496	2.9
3.06	3.25	98.4	1	0.071	2.383	2.9
2.91	3.06	98.7	1	0.082	1.993	2.9
2.78	2.91	98.2	1	0.104	1.797	2.9
2.68	2.78	97.9	1	0.14	1.763	2.9
2.58	2.68	97.8	1	0.162	1.501	2.9
2.5	2.58	98.1	1	0.186	1.476	2.9
2.43	2.5	97.6	1	0.223	1.469	2.9
2.37	2.43	97.5	1	0.261	1.379	3
2.31	2.37	97.1	1	0.318	1.382	2.9
2.26	2.31	97.6	1	0.392	1.326	2.9
2.21	2.26	96.8	1	0.441	1.251	2.9
2.16	2.21	96.9	1	0.513	1.211	2.9
2.12	2.16	97.1	1	0.618	1.186	2.8
2.09	2.12	94.4	1	0.643	1.124	2.6
2.05	2.09	87.7	1	0.698	1.137	2.4

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 28005 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 2.503 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	2.4	0.698	1213	1.137	87.7
2.09-2.12	2.6	0.643	1392	1.124	94.4
2.12-2.16	2.8	0.618	1423	1.186	97.1
2.16-2.21	2.9	0.513	1369	1.211	96.9
2.21-2.26	2.9	0.441	1385	1.251	96.8
2.26-2.31	2.9	0.392	1445	1.326	97.6
2.31-2.37	2.9	0.318	1383	1.382	97.1
2.37-2.43	3	0.261	1413	1.379	97.5
2.43-2.5	2.9	0.223	1391	1.469	97.6
2.5-2.58	2.9	0.186	1416	1.476	98.1
2.58-2.68	2.9	0.162	1431	1.501	97.8
2.68-2.78	2.9	0.14	1370	1.763	97.9
2.78-2.91	2.9	0.104	1433	1.797	98.2
2.91-3.06	2.9	0.082	1453	1.993	98.7
3.06-3.25	2.9	0.071	1418	2.383	98.4
3.25-3.51	2.9	0.055	1383	2.496	98.6
3.51-3.86	2.9	0.048	1444	3.449	98.8
3.86-4.42	2.9	0.042	1443	3.672	98.5
4.42-5.56	2.8	0.047	1402	6.158	98.8
5.56-50	2.9	0.06	1398	11.138	96.4

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

Phasing MR

R_factor: 50.18 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	34.56 Å
Translation	2.5 Å	34.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.2→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.942 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2888	1160	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2093	-	-	-
obs	0.2132	22916	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.12 Å² / B_iso mean: 50.622 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0.04 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.07 Å²	0.09 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3918	0	0	79	3997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.986	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.118	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.694	23.882	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.831	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.413	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	10.5	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.501	50	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	50	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.076	4.5	1322

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	74	-
R_work	0.258	1576	-
all	-	1650	-
obs	-	-	97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1945	-0.1142	-0.369	1.7789	0.5273	3.5297	0.0039	0.157	0.0861	-0.1819	0.0659	0.0128	0.1406	0.1572	-0.0698	0.0329	-0.0025	-0.0156	0.0445	0.029	0.0457	4.7599	10.1475	2.7469
2	1.2384	0.2263	-0.5468	1.8205	-0.4449	3.4176	-0.0052	-0.1934	0.0855	0.1713	0.0398	-0.0057	0.1524	-0.1424	-0.0346	0.0338	0.0019	-0.0191	0.0544	-0.031	0.0501	-1.6524	10.1524	31.3789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	-10 - 9999

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)