PDB-3qix: Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qix

タイトル

Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound

要素

Botulinum neurotoxin type A

キーワード

HYDROLASE / Botulinum / BONT / Neurotoxin / Toxin / metalloprotease / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.413 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of Three Novel Hydroxamate-Based Zinc Chelating Inhibitors of the Clostridium botulinum Serotype A Neurotoxin Light Chain Metalloprotease Reveals a Compact ...
著者: Thompson, A.A. / Jiao, G.S. / Kim, S. / Thai, A. / Cregar-Hernandez, L. / Margosiak, S.A. / Johnson, A.T. / Han, G.W. / O'Malley, S. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2011年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qix.cif.gz	328.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qix.ent.gz	266.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qiyC 3qizC 3qj0C 3ddaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qiy-d 3nf3-d 7kyh-4 7kyh-2 5v8u-2 7kyh-3 4o95-d 7kyh-1 6qnp-4 2imb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

98.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.808, 193.747, 56.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 49375.664 Da / 分子数: 2 / 断片: light chain (UNP residues 3-424) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: Hall - Serotype A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862, Neurotoxin Light Chain / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI0*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.044

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日

放射

モノクロメーター: 1: Double Crystal 2: Double Multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.044 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 13.9 / 数: 118707 / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31317 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.17	50	99.9	1	0.036	1	3.8
4.1	5.17	99.8	1	0.063	0.988	3.8
3.58	4.1	100	1	0.078	0.992	3.8
3.26	3.58	100	1	0.1	0.987	3.8
3.02	3.26	100	1	0.134	1.001	3.8
2.85	3.02	100	1	0.192	1.006	3.8
2.7	2.85	100	1	0.259	0.997	3.8
2.59	2.7	100	1	0.325	1.014	3.8
2.49	2.59	100	1	0.42	1.005	3.8
2.4	2.49	99.9	1	0.478	0.976	3.7

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 31317 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	3.7	0.478	3089	0.976	1	99.9
2.49-2.59	3.8	0.42	3136	1.005	1	100
2.59-2.7	3.8	0.325	3120	1.014	1	100
2.7-2.85	3.8	0.259	3131	0.997	1	100
2.85-3.02	3.8	0.192	3115	1.006	1	100
3.02-3.26	3.8	0.134	3143	1.001	1	100
3.26-3.58	3.8	0.1	3136	0.987	1	100
3.58-4.1	3.8	0.078	3108	0.992	1	100
4.1-5.17	3.8	0.063	3155	0.988	1	99.8
5.17-50	3.8	0.036	3184	1	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DDA

3dda

解像度: 2.413→48.437 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2279	1489	5.06 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.1873	29450	93.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.386 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.08 Å² / B_iso mean: 44.953 Å² / B_iso min: 16.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.0117 Å²	-0 Å²	4.5944 Å²
2-	-	-1.9445 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.0672 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.413→48.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6360	0	6	122	6488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	8813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	959
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1135
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7	2401

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4134-2.4913	0.2794	105	0.2296	2210	2315	81
2.4913-2.5803	0.3114	123	0.2252	2393	2516	87
2.5803-2.6836	0.2845	121	0.2128	2395	2516	89
2.6836-2.8057	0.3028	134	0.2174	2513	2647	92
2.8057-2.9536	0.2604	144	0.2035	2512	2656	93
2.9536-3.1387	0.2931	119	0.1959	2558	2677	95
3.1387-3.3809	0.2323	137	0.1857	2606	2743	96
3.3809-3.7211	0.21	136	0.1772	2678	2814	98
3.7211-4.2592	0.2091	156	0.1582	2677	2833	99
4.2592-5.3651	0.1818	155	0.1549	2698	2853	99
5.3651-48.4465	0.2091	159	0.198	2721	2880	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.602	-0.0192	-0.1825	0.7612	-0.2309	0.8728	-0.0216	0.0776	-0.015	-0.0927	0.0263	0.0026	0.1154	-0.0716	0.0184	0.2762	0.0234	-0.0148	0.1884	-0.0063	0.1662	6.2919	9.8934	15.5183
2	1.3409	0.226	-0.2363	1.1053	-0.2736	1.2052	0.0204	0.0727	0.0487	0.0489	-0.0223	0.0411	0.0427	-0.022	0.0044	0.1144	0.0134	-0.0014	0.0495	0.0128	0.0643	4.5436	16.9408	24.7895
3	0.6919	0.3036	-0.1848	1.4629	-0.1346	1.1823	0.0676	-0.1233	0.0808	0.3075	-0.1115	-0.0649	-0.1017	0.0643	0.0079	0.1471	-0.0021	-0.0038	0.1339	0.001	0.1227	8.8459	22.6176	32.1681
4	0.5172	0.0222	0.2412	1.0706	0.4174	0.7778	-0.0407	0.152	0.0728	-0.1932	-0.043	0.0166	-0.3153	0.0271	-0.0552	0.3205	0.044	0.0719	0.1842	0.0666	0.1766	-11.2351	72.5676	-11.0523
5	1.3572	0.2182	0.493	1.4053	0.7808	1.3896	0.063	0.1005	-0.0511	0.0096	0.0422	-0.1093	-0.1212	0.0005	-0.1109	0.1986	0.0109	0.0552	0.1448	-0.0005	0.1311	-8.9671	64.4985	-2.1495
6	1.0877	0.3712	0.7451	2.2196	0.8974	1.6252	0.1563	-0.0423	-0.125	0.4958	-0.0115	0.0036	0.1962	-0.2027	-0.0849	0.2188	-0.0103	0.0502	0.1621	0.0228	0.1338	-13.625	58.5042	5.256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:69)	A	2 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 70:268)	A	70 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 269:420)	A	269 - 420
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 2:70)	B	2 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 71:268)	B	71 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 269:419)	B	269 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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