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- PDB-3qis: Recognition of the F&H motif by the Lowe Syndrome protein OCRL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qis
タイトルRecognition of the F&H motif by the Lowe Syndrome protein OCRL
要素
  • Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
  • Protein FAM109A
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / Dent Disease / Rac1 / Rab GTPases / APPL1 / Ses2 / Endocytic pathway / Golgi complex / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / receptor recycling / inositol-polyphosphate 5-phosphatase / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase ...phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / receptor recycling / inositol-polyphosphate 5-phosphatase / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol dephosphorylation / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / membrane organization / Golgi stack / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin-coated vesicle / Golgi-associated vesicle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / RHOJ GTPase cycle / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / cilium assembly / photoreceptor outer segment / RAC3 GTPase cycle / clathrin-coated pit / GTPase activator activity / trans-Golgi network / recycling endosome / small GTPase binding / lipid metabolic process / centriolar satellite / phagocytic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton / early endosome membrane / in utero embryonic development / early endosome / neuron projection / lysosome / cilium / ciliary basal body / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PH domain containing protein Boi1/Boi2-like / Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A ...PH domain containing protein Boi1/Boi2-like / Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL / Sesquipedalian-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pirruccello, M. / Swan, L.E. / Folta-Stogniew, E. / De Camilli, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Recognition of the F&H motif by the Lowe syndrome protein OCRL.
著者: Pirruccello, M. / Swan, L.E. / Folta-Stogniew, E. / De Camilli, P.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
B: Protein FAM109A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2442
ポリマ－44,2442
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.478, 73.478, 145.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1 / Lowe oculocerebrorenal syndrome protein


分子量: 42678.895 Da / 分子数: 1 / 断片: ASH-RhoGAP (UNP residues 536-901) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPP5F, OCRL, OCRL1 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01968, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Protein FAM109A / Ses1


分子量: 1564.763 Da / 分子数: 1 / 断片: F&H Motif (UNP residues 223-235) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4B1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→63.634 Å / Num. all: 20848 / Num. obs: 20465 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QV2

2qv2


解像度: 2.3→24.051 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1012 5.13 %RANDOM
Rwork0.1954 ---
obs0.1975 19735 94.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.937 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 263.76 Å2 / Biso mean: 48.595 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.056 Å20 Å20 Å2
2---0.056 Å2-0 Å2
3---0.1121 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 0 123 2631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.199977
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.42120.30391370.24852568270593
2.4212-2.57270.33661480.23122637278596
2.5727-2.77110.27861440.22482687283196
2.7711-3.04950.27261710.2162697286897
3.0495-3.48960.24561460.19952747289398
3.4896-4.39220.22591370.18152390252784
4.3922-24.05260.17541290.17012997312699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5152-0.23440.22070.93230.19031.855-0.141-0.06740.22640.29630.1167-0.2932-0.12260.12760.06770.34720.0702-0.12740.1634-0.05610.2619-40.427836.913541.7626
21.5378-0.70770.52923.05752.12352.204-0.2365-0.03680.04070.7873-0.02240.06570.36360.14020.19380.41950.0959-0.07510.175-0.00890.1279-36.914320.046841.0033
31.05510.0889-0.33261.04921.22441.6178-0.08870.0044-0.02760.21190.01430.050.0050.01480.08910.26640.1052-0.03760.1062-0.00820.1689-41.35119.412322.7543
40.51290.7824-0.3631.70150.46495.4362-0.02390.2463-0.0205-0.04530.0847-0.3902-0.16151.256-0.08920.23180.02870.00270.4612-0.0050.2919-23.610110.215615.4158
50.39311.24460.34074.34651.58673.5530.16680.1132-0.2633-0.09320.5041-0.7771-0.0750.1249-0.44430.19850.1186-0.00250.2524-0.08980.2488-34.3547-4.749216.9508
65.7992-5.6242-0.97217.19270.78850.55-0.7868-0.5094-0.53191.41471.01270.6654-0.15860.3616-0.29690.62790.3923-0.06130.46830.02220.331-34.9103-5.520226.7492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 563:661)A563 - 661
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 662:696)A662 - 696
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 730:800)A730 - 800
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 801:896)A801 - 896
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:7)B1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 8:13)B8 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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