PDB-3qi8: Evolved variant of cytochrome P450 (BM3, CYP102A1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qi8

タイトル

Evolved variant of cytochrome P450 (BM3, CYP102A1)

要素

Evolved Cytochrome P450 variant (22A3)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Oxidation (Naproxen / Ibuprofen)

機能・相同性

Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Rentmeister, A. / Brown, T.R. / Snow, C.D. / Carbone, M.N. / Arnold, F.H.

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2011
タイトル: Engineered Bacterial Mimics of Human Drug Metabolizing Enzyme CYP2C9
著者: Rentmeister, A. / Brown, T.R. / Snow, C.D. / Carbone, M.N. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2011年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qi8.cif.gz	358.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qi8.ent.gz	295.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qi8_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qi8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3qi8_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	3qi8_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jpzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jpz-2 1zo9-2 2ij4-2 5xhj-2 4h24-2 1fag-4 1smi-2 2uwh-4 5e9z-4 5ucw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Evolved Cytochrome P450 variant (22A3)

A: Evolved Cytochrome P450 variant (22A3)

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Evolved Cytochrome P450 variant (22A3)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Evolved Cytochrome P450 variant (22A3)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.350, 83.770, 143.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain B and (resseq 2:9 or resseq 14:71 or resseq...
2	1	1	chain A and (resseq 2:9 or resseq 14:71 or resseq...

#1: タンパク質	Evolved Cytochrome P450 variant (22A3) 分子量: 54157.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
配列の詳細	THIS SEQUENCE EVOLVED FROM CYP102A1(UNP P14779) VIA VARIANTS 5H6 AND 13C9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium citrate, PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: double mirror

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→45.4 Å / Num. all: 18561 / Num. obs: 17710 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.139 / R_sym value: 0.139 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度 (Å)	% possible all
3.1-3.27	94
3.27-3.47	95.7
3.47-3.71	96.3
3.71-4	96.8
4-4.38	96.6
4.38-4.9	96.5
4.9-5.66	96.8
5.66-6.93	96.9
6.93-9.8	97
9.8-45.4	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JPZ

1jpz

解像度: 3.2→45.384 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2743	840	5.2 %	random
R_work	0.2082	-	-	-
obs	0.2115	16147	95.54 %	-
all	-	18561	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.44 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1537 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3667 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6994	0	86	0	7080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.409	9821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.94	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1271

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	3203	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	3203	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.4006	0.3052	153	0.2653	2427	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4006-3.663	0.2963	131	0.2283	2512	X-RAY DIFFRACTION	95
3.663-4.0314	0.2815	147	0.2031	2538	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0314-4.6143	0.2665	137	0.1807	2546	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6143-5.8116	0.2722	139	0.193	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
5.8116-45.3881	0.2472	133	0.1957	2720	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2161	1.0383	-0.3021	-0.6567	-1.015	3.3532	-0.938	1.1875	1.2473	-1.2805	0.5169	0.524	-0.1156	-0.4361	0.0011	1.1454	-0.4832	-0.5066	1.1011	0.418	1.1895	-32.5871	-15.951	-44.1056
2	6.3089	0.5583	-0.0627	1.0047	1.702	4.4402	-0.6329	0.448	0.3288	-0.0555	0.8754	0.5266	-0.2145	0.4182	-0.0028	0.2091	-0.0478	0.0932	0.4934	0.1448	0.0871	-26.9872	-23.2368	-9.9864
3	0.974	-1.4092	-0.0982	1.2601	0.0127	1.0084	0.3995	-0.3704	-0.6934	-1.5776	0.3545	1.8741	1.5147	-2.5445	0.0589	0.6622	-0.2329	-0.0826	1.1789	0.2794	1.1551	-45.3513	-22.8504	-17.7269
4	-0.0692	-0.4611	-2.0736	0.9566	0.972	0.3243	1.3498	-0.2578	1.159	0.9318	0.0672	0.1768	-1.4215	0.0096	0.0001	1.2566	-0.263	0.3346	0.9916	0.1054	1.1122	-34.9566	-6.5771	-7.7734
5	1.8996	1.7081	0.4162	1.6914	1.2033	2.993	-0.2005	0.5585	0.5854	-0.9401	-0.0093	0.0332	0.0824	-0.0537	0.0125	0.4573	-0.093	0.0254	0.4665	0.1648	0.4652	-20.0858	-21.7629	-27.8296
6	4.2249	-0.6404	2.3953	3.3185	-1.268	6.0233	-0.1177	0.1537	-0.017	-0.4163	0.0001	0.1602	0.1541	0.3298	-0.0002	0.3115	0.0324	0.1143	0.545	-0.0058	0.2495	-21.138	-28.0609	-21.1396
7	1.7873	-0.8336	2.6933	2.1868	-2.8645	-0.5458	-0.0105	0.1444	-0.7407	-0.3398	0.1624	1.4339	-0.2048	-0.8696	-0.0704	0.3873	0.0654	0.0056	0.4125	0.2595	0.6302	-16.71	12.9134	-29.3245
8	2.626	-1.6582	2.1103	2.2111	3.2617	2.5752	-0.5561	0.2922	0.3192	0.5307	0.4091	-0.6439	-0.7794	0.2854	0.0213	0.2734	0.0666	-0.1393	0.4093	0.0732	0.1906	9.5583	2.1243	-8.3744
9	2.0794	-0.6253	-1.7782	1.6874	1.8817	-0.3063	-0.595	-0.3504	0.4102	0.9333	0.5943	0.8065	-1.7692	-0.486	-0.0001	0.9544	0.0456	0.0746	0.435	0.1953	0.7359	-11.583	8.2592	-2.1259
10	-1.4439	1.3477	-0.0345	0.7993	-0.6456	0.221	0.2326	-0.3108	0.7838	2.0512	0.2892	0.2624	-1.8626	-0.4231	0.0215	1.0777	-0.1425	-0.1153	0.6169	0.1324	0.813	7.8318	19.8449	-3.4712
11	-1.2378	-1.2942	0.061	3.3452	-1.671	0.6565	-0.1029	-0.4274	0.3134	-0.5443	0.2575	-0.2589	0.3431	-0.2973	-0.0184	0.2805	-0.0681	0.0398	0.2036	0.0863	0.2289	2.1266	3.0309	-25.925
12	3.4366	-1.6065	-0.3252	3.7135	-2.9439	3.6842	-0.0436	-0.0254	-0.113	0.1473	0.0861	-0.0208	-0.2453	0.0549	-0.0006	0.1048	-0.073	-0.0555	0.2365	-0.0351	0.0888	4.9834	-3.3405	-19.4744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:70)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 96:165)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 166:218)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 219:265)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 266:365)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 378:458)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 96:165)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 166:218)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 219:265)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 266:365)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 378:460)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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