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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qi5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human alkyladenine DNA glycosylase in complex with 3,N4-ethenocystosine containing duplex DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / alkyladenine DNA glycosylase fold / AAG / Excision / DNA repair / DNA binding / Nucleus / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / base-excision repair / damaged DNA binding / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Setser, J.W. / Samson, L.D. / Drennan, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Human Alkyladenine DNA Glycosylase (AAG) by 3,N4-Ethenocytosine-containing DNA. 著者: Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Setser, J.W. / Samson, L.D. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qi5.cif.gz | 130.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qi5.ent.gz | 97.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qi5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qi5_validation.pdf.gz | 472.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qi5_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qi5_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qi5_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24314.891 Da / 分子数: 2 / 断片: delta79AAG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPG, AAG, ANPG, MID1 / プラスミド: pET19b-PPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29372, DNA-3-methyladenine glycosylase II #2: DNA鎖 | 分子量: 3966.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 4000.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary ...詳細: The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary strand that contained G opposite EDC (5'-GGC AAG CAT GTC A-3'). The delta79AAG-EDC complexes were prepared by mixing equimolar ratios of delta79AAG and EDC:G 13-mer DNA duplex at the final protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM Hepes-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. The crystals were obtained upon mixing 1 uL of complex and 1 ul of the reservoir solution (100 mM sodium cacodylate pH 6.0, 200 mM manganese chloride and 20% polyethylene glycol (PEG)-3350) over 0.5 ml of the reservoir solution, followed by incubation for 2 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal, Double Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→81.11 Å / Num. all: 26278 / Num. obs: 26278 / % possible obs: 100 % |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.252 Å / % possible all: 89.61 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1BNK, used as a search model 解像度: 2.2→81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 15.824 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.654 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→81 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.252 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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