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- PDB-3qi5: Crystal structure of human alkyladenine DNA glycosylase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qi5
タイトルCrystal structure of human alkyladenine DNA glycosylase in complex with 3,N4-ethenocystosine containing duplex DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA-3-methyladenine glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / alkyladenine DNA glycosylase fold / AAG / Excision / DNA repair (DNA修復) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / Nucleus (Nucleus) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / DNA alkylation repair / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / 塩基除去修復 / damaged DNA binding / 核質 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-methyladenine DNA Glycosylase; Chain A / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Methylpurine-DNA glycosylase / Methylpurine-DNA glycosylase superfamily / Methylpurine-DNA glycosylase (MPG) / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-3-methyladenine glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Setser, J.W. / Samson, L.D. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Human Alkyladenine DNA Glycosylase (AAG) by 3,N4-Ethenocytosine-containing DNA.
著者: Lingaraju, G.M. / Davis, C.A. / Setser, J.W. / Samson, L.D. / Drennan, C.L.
履歴
登録2011年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase
B: DNA-3-methyladenine glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6748
ポリマ－64,5646
非ポリマー1102
水4,179232
1
A: DNA-3-methyladenine glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3374
ポリマ－32,2823
非ポリマー551
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
2
B: DNA-3-methyladenine glycosylase
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3374
ポリマ－32,2823
非ポリマー551
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.226, 41.220, 82.144
Angle α, β, γ (deg.)81.23, 88.40, 89.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUSERSER1AA86 - 1987 - 119
211LEULEUSERSER1BB86 - 1987 - 119
121ASPASPLEULEU1AA211 - 244132 - 165
221ASPASPLEULEU1BB211 - 244132 - 165
131VALVALGLYGLY4AA256 - 263177 - 184
231VALVALGLYGLY4BB256 - 263177 - 184
141PROPROASPASP4AA274 - 289195 - 210
241PROPROASPASP4BB274 - 289195 - 210
112DGDGDTDT4CC1 - 131 - 13
212DGDGDTDT4EE1 - 131 - 13
113DGDGDCDC4DD14 - 251 - 12
213DGDGDCDC4FF14 - 251 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase / / 3-alkyladenine DNA glycosylase / 3-methyladenine DNA glycosidase / ADPG / N-methylpurine-DNA glycosylase


分子量: 24314.891 Da / 分子数: 2 / 断片: delta79AAG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPG, AAG, ANPG, MID1 / プラスミド: pET19b-PPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29372, DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*(EDC)P*TP*TP*GP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3966.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4000.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary ...詳細: The 3,N4-ethenocytosine (EDC) containing DNA duplex was prepared by annealing the EDC containing 13-mer crystallization oligonucleotide ('5-GAC ATG (EDC)TT GCC T-3') with its complementary strand that contained G opposite EDC (5'-GGC AAG CAT GTC A-3'). The delta79AAG-EDC complexes were prepared by mixing equimolar ratios of delta79AAG and EDC:G 13-mer DNA duplex at the final protein-DNA complex concentration of 0.3 mM in the complex buffer (20 mM Hepes-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 5% v/v glycerol and 1 mM DTT). The complex was incubated on ice for 15 min and used for crystallization. The crystals were obtained upon mixing 1 uL of complex and 1 ul of the reservoir solution (100 mM sodium cacodylate pH 6.0, 200 mM manganese chloride and 20% polyethylene glycol (PEG)-3350) over 0.5 ml of the reservoir solution, followed by incubation for 2 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal, Double Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→81.11 Å / Num. all: 26278 / Num. obs: 26278 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.252 Å / % possible all: 89.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BNK, used as a search model

1bnk


解像度: 2.2→81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 15.824 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28427 1331 5.1 %RANDOM
Rwork0.23637 ---
obs0.23881 24947 96.22 %-
all-24947 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.29 Å20.21 Å2
2---1.06 Å20.13 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3249 1024 2 232 4507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0224468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0292.2696254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7095412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.35121.895153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21315563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9881544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.52070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88823310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5732398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9994.52944
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1152tight positional0.290.05
11B184medium positional0.150.5
22C263medium positional0.330.5
22E245medium positional0.130.5
11A1152tight thermal0.080.5
11B184medium thermal0.072
22D263medium thermal0.142
22F245medium thermal0.12
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 86 -
Rwork0.289 1734 -
obs--89.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1497-1.12670.70342.4143-1.17492.68960.07580.17620.05610.0858-0.1194-0.09370.0805-0.00060.04360.1644-0.0144-0.00170.01890.00310.050319.534410.0103-41.3271
22.3455-1.2472-1.22252.43821.02472.6073-0.14190.1152-0.09610.12840.07910.0643-0.05680.08340.06280.0225-0.02930.00570.2082-0.00120.0578-0.229-9.7377-67.7282
30.3987-0.4108-0.3981.95660.36122.24330.0381-0.0323-0.12670.3619-0.07940.0891-0.08370.01830.04140.2316-0.03480.01080.0233-0.00080.070614.82385.6987-21.1756
41.6315-1.2689-0.91487.54730.51213.33170.0261-0.0565-0.06230.3992-0.2245-0.10750.1154-0.15520.19840.1557-0.0239-0.01340.05240.03050.05915.0784.0514-21.6272
50.34430.26-0.8411.46-0.69712.8385-0.17820.155-0.0593-0.17110.0208-0.00130.1245-0.24730.15740.1656-0.0765-0.00550.2863-0.02150.06624.2907-4.9353-87.7975
69.9932-1.2419-0.53540.8286-1.25792.63520.15260.6552-0.3351-0.023-0.15280.0544-0.01590.10210.00020.084-0.00810.01410.1335-0.03030.09145.9779-5.3712-87.3452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 198
2X-RAY DIFFRACTION1A211 - 244
3X-RAY DIFFRACTION1A256 - 263
4X-RAY DIFFRACTION1A274 - 289
5X-RAY DIFFRACTION2B86 - 198
6X-RAY DIFFRACTION2B211 - 244
7X-RAY DIFFRACTION2B256 - 263
8X-RAY DIFFRACTION2B274 - 289
9X-RAY DIFFRACTION3C1 - 13
10X-RAY DIFFRACTION4D14 - 25
11X-RAY DIFFRACTION5E1 - 13
12X-RAY DIFFRACTION6F14 - 25

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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