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- PDB-3qht: Crystal Structure of the Monobody ySMB-1 bound to yeast SUMO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qht
タイトルCrystal Structure of the Monobody ySMB-1 bound to yeast SUMO
要素
  • Monobody ySMB-1
  • Ubiquitin-like protein SMT3
キーワードDE NOVO PROTEIN / Fibronectin Type III / yeast small ubiquitin-like modifier / SMT3
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Koide, S. / Gilbreth, R.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Isoform-specific monobody inhibitors of small ubiquitin-related modifiers engineered using structure-guided library design.
著者: Gilbreth, R.N. / Truong, K. / Madu, I. / Koide, A. / Wojcik, J.B. / Li, N.S. / Piccirilli, J.A. / Chen, Y. / Koide, S.
履歴
登録2011年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3
B: Ubiquitin-like protein SMT3
C: Monobody ySMB-1
D: Monobody ySMB-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,93412
ポリマ－43,1984
非ポリマー7378
水1,53185
1
A: Ubiquitin-like protein SMT3
C: Monobody ySMB-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,33610
ポリマ－21,5992
非ポリマー7378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
2
B: Ubiquitin-like protein SMT3
D: Monobody ySMB-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5992
ポリマ－21,5992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.637, 175.462, 52.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3 / yeast small ubiquitin-like modifier (SUMO)


分子量: 11204.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306
#2: タンパク質 Monobody ySMB-1


分子量: 10394.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 14% PEG8000, 16% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 22586 / Num. obs: 22586 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 96.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1FNA AND 2EKE

1fna

2eke


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 14.399 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27158 1151 5.1 %RANDOM
Rwork0.2231 ---
all0.22558 21341 --
obs0.22558 21341 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.816 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 48 85 2799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8641.9783759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8065336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57523.636121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32315449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.51733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92322752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56831203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9184.51007
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 81 -
Rwork0.247 1450 -
obs--96.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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