PDB-3qez: Crystal structure of the mutant T159V,V182A of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qez

タイトル

Crystal structure of the mutant T159V,V182A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / (beta-alpha)8 barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5431 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qez.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qez.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qez_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qez_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3qez_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	3qez_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p60-d 3nqc-d 2zz6-d 4lc8-d 3m1z-d 3g1f-3 3lhv-2 2zz3-d 4fxr-d 3lhy-d 3pby-d 3qms-d 3qmt-d 3pbv-d 1so3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.772, 64.070, 61.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24854.672 Da / 分子数: 2 / 変異: T159V,V182A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M imidazole, 0.4M sodium phosphate/1.6M potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→32.41 Å / Num. all: 55241 / Num. obs: 55241 / % possible obs: 89.35 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.5431→32.4092 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2059	2804	5.08 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
all	0.1746	55241	-	-
obs	0.1746	55241	89.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.128 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4379 Å²	-0 Å²	-2.8972 Å²
2-	-	-0.0032 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4411 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5431→32.4092 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3304	0	50	191	3545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	4738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.527	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	533
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5431-1.5697	0.4313	27	0.3827	612	X-RAY DIFFRACTION	21
1.5697-1.5982	0.3861	76	0.3486	1484	X-RAY DIFFRACTION	51
1.5982-1.629	0.3187	125	0.3328	1920	X-RAY DIFFRACTION	67
1.629-1.6622	0.3567	108	0.2846	2390	X-RAY DIFFRACTION	81
1.6622-1.6984	0.3064	150	0.2648	2634	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6984-1.7379	0.2754	136	0.2399	2787	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7379-1.7813	0.256	160	0.2158	2830	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7813-1.8295	0.249	151	0.1978	2848	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8295-1.8833	0.2327	159	0.183	2846	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8833-1.9441	0.2273	156	0.178	2876	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9441-2.0136	0.219	170	0.1622	2854	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0136-2.0942	0.1805	153	0.1704	2881	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0942-2.1895	0.2147	153	0.166	2891	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1895-2.3049	0.1831	156	0.1577	2889	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3049-2.4492	0.2013	147	0.1554	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4492-2.6383	0.1725	150	0.1542	2920	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6383-2.9036	0.1962	146	0.1615	2942	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9036-3.3234	0.2038	167	0.1554	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3234-4.1857	0.1592	159	0.1475	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1857-32.4092	0.2012	155	0.1716	3025	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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