PDB-3qej: S74E-dCK mutant in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qej

タイトル

S74E-dCK mutant in complex with UDP

要素

Deoxycytidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / alpha/beta / phosphoryl transfer / ATP binding / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Hazra, S. / Lavie, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Post-translational phosphorylation of serine 74 of human deoxycytidine kinase favors the enzyme adopting the open conformation making it competent for nucleoside binding and release.
著者: Hazra, S. / Szewczak, A. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A.

履歴

登録	2011年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qej.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qej.ent.gz	86.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qej_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qej_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3qej_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	3qej_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qenC 3qeoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jlm-d 4l5b-d 4kcg-d 5mql-2 4q1f-d 4q1a-d 4q18-d 5mqt-2 3qen-d 3nmn-2 3mjr-1 2zia-d 4q19-d 4q1c-d 5mqj-2 1p61-1 3jrq-d 4q1d-d 4jlj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxycytidine kinase

B: Deoxycytidine kinase

ヘテロ分子

66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.430, 68.430, 120.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 19 - 260 / Label seq-ID: 38 - 279

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Deoxycytidine kinase / dCK 分子量: 32614.549 Da / 分子数: 2 / 変異: S74E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 15 mg/ml protein mixed with 0.9-1.5M trisodium citrate di-hydrate and 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.498
1	1	-H, K, -L	2	0.502

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 19324 / Num. obs: 18394 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.057

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0053	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.01 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23621	1900	10.4 %	RANDOM
R_work	0.20085	-	-	-
obs	0.20433	16284	94.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3891	0	50	90	4031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.963	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.747	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.732	24.757	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.753	15	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.962	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.016	2	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.534	3	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.432	4.5	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1928 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	tight positional	0.05	0.05
B	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.494→2.559 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	151	-
R_work	0.206	1256	-
obs	-	-	98.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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