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- PDB-3qe7: Crystal Structure of Uracil Transporter--UraA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qe7
タイトルCrystal Structure of Uracil Transporter--UraA
要素Uracil permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Uracil permease / Uracil transporter / UraA / transporter / inner membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil:monoatomic cation symporter activity / uracil transport / uracil import across plasma membrane / uracil transmembrane transporter activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Xanthine/uracil permease / Xanthine/uracil permeases family signature. / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
URACIL / Uracil permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.781 Å
データ登録者Lu, F.R. / Li, S. / Yan, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of the uracil transporter UraA
著者: Lu, F. / Li, S. / Jiang, Y. / Jiang, J. / Fan, H. / Lu, G. / Deng, D. / Dang, S. / Zhang, X. / Wang, J. / Yan, N.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5083
ポリマ－45,0901
非ポリマー4182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uracil permease
ヘテロ分子

A: Uracil permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0176
ポリマ－90,1802
非ポリマー8374
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/31
Buried area1930 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area36040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.76, 96.76, 251.95
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Uracil permease / Uracil transporter


分子量: 45089.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: uraA, b2497, JW2482 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AGM7
#2: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#3: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 400, 100mM MES-NaOH, 300mM Li2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.99294 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99294 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.781→41.92 Å / Num. obs: 18225 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 78.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.781→41.92 Å / FOM work R set: 0.772 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3035 930 5.11 %Random
Rwork0.2478 ---
obs0.2506 18200 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.203 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.2341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3303 Å20 Å2-0 Å2
2--7.3303 Å20 Å2
3----14.6606 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.781→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 29 0 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0333282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9564223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6251085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7808-2.92730.35081440.30042395X-RAY DIFFRACTION99
2.9273-3.11070.31671460.2822388X-RAY DIFFRACTION99
3.1107-3.35080.29871280.23612434X-RAY DIFFRACTION100
3.3508-3.68780.26541460.20412419X-RAY DIFFRACTION99
3.6878-4.2210.26621150.21182494X-RAY DIFFRACTION99
4.221-5.31630.28071270.22292507X-RAY DIFFRACTION99
5.3163-41.92460.35541240.29152633X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01522.01290.47890.9584-0.29161.51870.0617-0.1110.06820.26220.1414-0.10610.0507-0.0887-0.06380.15240.18860.05180.48260.13620.340218.8031-8.588733.082
21.65990.3193-1.20592.3628-0.34822.93610.4202-0.67140.02710.19-0.0647-0.1654-0.24750.1575-0.14640.2970.26890.07370.6644-0.02580.223130.6274.903232.6248
30.1760.8003-0.21752.36680.24542.5023-0.11180.03520.2391-0.05090.28540.1061-0.1046-0.3511-0.20420.05450.056-0.03460.46720.14630.216826.53594.036514.8986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 330:429
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 112:209
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 1:111 or resid 210:329)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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