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万見
- PDB-3qe4: An evolved aminoacyl-tRNA Synthetase with atypical polysubstrate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qe4
タイトルAn evolved aminoacyl-tRNA Synthetase with atypical polysubstrate specificity
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / evolved tRNA synthetase / tRNA synthetase evolved to bind unnatural amino acids / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-cyano-L-phenylalanine / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Young, D.D. / Young, T.S. / Jahnz, M. / Ahmad, I. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: An Evolved Aminoacyl-tRNA Synthetase with Atypical Polysubstrate Specificity .
著者: Young, D.D. / Young, T.S. / Jahnz, M. / Ahmad, I. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
履歴
登録2011年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9084
ポリマ－71,5282
非ポリマー3802
水3,117173
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9542
ポリマ－35,7641
非ポリマー1901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9542
ポリマ－35,7641
非ポリマー1901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.524, 68.937, 82.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase / Tyrosine--tRNA ligase / TyrRS


分子量: 35763.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0389, TyrRS, tyrS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-4CF / 4-cyano-L-phenylalanine / 4-シアノフェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.2 M ammonium tartrate, 20% PEG3350, 20 mM Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. all: 25170 / Num. obs: 25170 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J1U

1j1u


解像度: 2.3→44.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8532 / SU R Cruickshank DPI: 0.564 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / SU R Blow DPI: 0.547 / SU Rfree Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.324 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1282 5.09 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2369 25169 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.5354 Å20 Å21.1378 Å2
2---17.4246 Å20 Å2
3---4.8892 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.364 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4910 0 28 173 5111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115024HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.286747HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1867SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes134HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes703HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4996HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.3
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion642SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6145SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 111 4.6 %
Rwork0.2242 2304 -
all0.2268 2415 -
obs--96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5247-0.45691.23340.5977-0.16941.47210.13050.1439-0.0656-0.0989-0.07550.03490.11540.0294-0.0550.0470.0018-0.1511-0.24190-0.04456.27510.498521.8284
21.8873-0.22580.96160.62670.04471.3146-0.01430.1617-0.0183-0.0738-0.01560.0277-0.00730.1170.0299-0.00210.0108-0.1248-0.1751-0.0041-0.03539.5184-33.869921.2302
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|307 }A1 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|307 }B2 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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