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- PDB-3qe3: Sheep liver sorbitol dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qe3
タイトルSheep liver sorbitol dehydrogenase
要素Sorbitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / medium chain dehydrogenase/reductase enzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylulose reductase / D-xylulose reductase activity / sorbitol catabolic process / L-iditol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / fructose biosynthetic process / flagellated sperm motility / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / motile cilium / mitochondrial membrane ...D-xylulose reductase / D-xylulose reductase activity / sorbitol catabolic process / L-iditol 2-dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / fructose biosynthetic process / flagellated sperm motility / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / motile cilium / mitochondrial membrane / NAD binding / protein-containing complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: X-ray crystal structure and small-angle X-ray scattering of sheep liver sorbitol dehydrogenase.
著者: Yennawar, H. / Moller, M. / Gillilan, R. / Yennawar, N.
履歴
登録2011年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3536
ポリマ－38,0151
非ポリマー3385
水3,855214
1
A: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Sorbitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,41024
ポリマ－152,0604
非ポリマー1,35120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area13250 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area48440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.749, 85.881, 119.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-481-

HOH

21A-533-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sorbitol dehydrogenase / L-iditol 2-dehydrogenase


分子量: 38014.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: SORD / 器官: liver / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07846, L-iditol 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 294 K
手法: laser-induced nucleation, シッティングドロップ法
pH: 7
詳細: 0.2 M lithium acetate dyhydrate, 20% PEG3350, pH 7.0, LASER-INDUCED NUCLEATION, SITTING DROP, temperature 294.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Varimax HF optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 27863 / Num. obs: 27863 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PL8

1pl8


解像度: 1.9→20.002 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1391 5.06 %
Rwork0.1923 --
obs0.1945 27476 98.38 %
all-27863 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.681 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0066 Å20 Å2-0 Å2
2--6.4826 Å20 Å2
3----5.476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2638 0 19 214 2871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0773676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.604998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96790.3241360.30352553X-RAY DIFFRACTION98
1.9679-2.04660.26711250.22912561X-RAY DIFFRACTION97
2.0466-2.13960.28681400.23112588X-RAY DIFFRACTION99
2.1396-2.25230.27261440.22492562X-RAY DIFFRACTION98
2.2523-2.39320.29351320.22072554X-RAY DIFFRACTION97
2.3932-2.57760.27351370.21332572X-RAY DIFFRACTION99
2.5776-2.83630.26371560.21362604X-RAY DIFFRACTION99
2.8363-3.24530.22021420.19172666X-RAY DIFFRACTION99
3.2453-4.0830.20481180.15782666X-RAY DIFFRACTION99
4.083-20.00290.18411610.15562759X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.07 Å / Origin y: 28.2796 Å / Origin z: 75.8717 Å
111213212223313233
T0.1311 Å2-0.039 Å20.0246 Å2-0.1741 Å20.0128 Å2--0.083 Å2
L0.5126 °2-0.0507 °2-0.3983 °2-0.5968 °2-0.3229 °2--1.8648 °2
S-0.1156 Å °-0.0593 Å °-0.0784 Å °0.0178 Å °0.0527 Å °0.0087 Å °0.3136 Å °-0.3611 Å °0.0562 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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