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- PDB-4gkv: Structure of Escherichia coli AdhP (ethanol-inducible dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gkv
タイトルStructure of Escherichia coli AdhP (ethanol-inducible dehydrogenase) with bound NAD
要素
  • Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
  • cleaved peptide fragment corresponding to the C-terminal His tag
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / response to ethanol / DNA damage response / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.008 Å
データ登録者Sims, P.A. / Thomas, L.M. / Harper, A.R. / Miner, W.A. / Ajufo, H.O. / Branscrum, K.M. / Kao, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of Escherichia coli AdhP (ethanol-inducible dehydrogenase) with bound NAD.
著者: Thomas, L.M. / Harper, A.R. / Miner, W.A. / Ajufo, H.O. / Branscum, K.M. / Kao, L. / Sims, P.A.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
B: Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
C: Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
D: Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring
P: cleaved peptide fragment corresponding to the C-terminal His tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,03419
ポリマ－142,6725
非ポリマー3,36114
水31,1661730
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17200 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area44270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.160, 118.920, 97.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDP

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase, propanol-preferring


分子量: 35423.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 (substrain MG1655) / 遺伝子: adhP, yddN, b1478, JW1474 / プラスミド: pET101/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: P39451, alcohol dehydrogenase
#2: タンパク質・ペプチド cleaved peptide fragment corresponding to the C-terminal His tag


分子量: 978.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 1744分子

#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE PEPTIDE CORRESPONDING TO CHAIN P, WAS FOUND TO BE A CLEAVED FRAGMENT OF ORIGINAL C-TERMINAL ...THE PEPTIDE CORRESPONDING TO CHAIN P, WAS FOUND TO BE A CLEAVED FRAGMENT OF ORIGINAL C-TERMINAL UTILIZED FOR CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 10mM NAD, 0.2M Sodium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月1日 / 詳細: Rigaku Osmic Blue multi layered mirrors
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→34 Å / Num. all: 321023 / Num. obs: 99140 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.008→32.69 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1837 4954 5 %
Rwork0.1376 --
obs0.1399 99085 99.46 %
all-99085 -
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 3.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.008→32.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9980 0 196 1730 11906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13214102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2183748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.008-2.03080.23951650.18492976X-RAY DIFFRACTION97
2.0308-2.05470.20031670.16983141X-RAY DIFFRACTION99
2.0547-2.07980.25831620.16193139X-RAY DIFFRACTION99
2.0798-2.10610.21581590.15023092X-RAY DIFFRACTION99
2.1061-2.13380.17941520.15683177X-RAY DIFFRACTION99
2.1338-2.1630.20271570.14913087X-RAY DIFFRACTION100
2.163-2.19390.20751690.15343141X-RAY DIFFRACTION100
2.1939-2.22660.20651460.15133150X-RAY DIFFRACTION100
2.2266-2.26140.18081590.14633131X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.29850.20531780.14383148X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.33810.20621520.14053166X-RAY DIFFRACTION100
2.3381-2.38060.20951820.14443125X-RAY DIFFRACTION100
2.3806-2.42640.20051670.14733141X-RAY DIFFRACTION100
2.4264-2.47590.19191650.14373141X-RAY DIFFRACTION100
2.4759-2.52970.18781620.13943194X-RAY DIFFRACTION100
2.5297-2.58860.1951620.13873113X-RAY DIFFRACTION100
2.5886-2.65330.20921480.14423168X-RAY DIFFRACTION100
2.6533-2.7250.1911720.14573145X-RAY DIFFRACTION100
2.725-2.80510.20831640.1463152X-RAY DIFFRACTION100
2.8051-2.89560.2041790.14383123X-RAY DIFFRACTION100
2.8956-2.9990.20311500.14383183X-RAY DIFFRACTION100
2.999-3.1190.19351740.14253150X-RAY DIFFRACTION100
3.119-3.26080.17961830.14773122X-RAY DIFFRACTION99
3.2608-3.43260.18961600.13493114X-RAY DIFFRACTION99
3.4326-3.64740.16041590.12423138X-RAY DIFFRACTION99
3.6474-3.92860.1661830.12273134X-RAY DIFFRACTION99
3.9286-4.32310.13111470.10563136X-RAY DIFFRACTION99
4.3231-4.94680.12971870.10153152X-RAY DIFFRACTION99
4.9468-6.22540.14431810.12093152X-RAY DIFFRACTION99
6.2254-32.69480.16541630.13463200X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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