PDB-3qcp: QSOX from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qcp

タイトル

QSOX from Trypanosoma brucei

要素

QSOX from Trypanosoma brucei (TbQSOX)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ERV fold / thioredoxin fold / sulfhydryl oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / thiol oxidase activity / protein disulfide isomerase activity / protein folding / nucleotide binding / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Alon, A. / Fass, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The dynamic disulphide relay of quiescin sulphydryl oxidase.
著者: Alon, A. / Grossman, I. / Gat, Y. / Kodali, V.K. / DiMaio, F. / Mehlman, T. / Haran, G. / Baker, D. / Thorpe, C. / Fass, D.

履歴

登録	2011年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qcp.cif.gz	105.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qcp.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qcp_validation.pdf.gz	834.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qcp_full_validation.pdf.gz	843 KB	表示
XML形式データ	3qcp_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	3qcp_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/3qcp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3q6oC 3qd9C 3t58C 3t59C 3ed3S 3llkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4krc-d 1d8a-d 1b93-d 5kd7-3 1hh4-1 2pnf-d 2wvo-d 6t62-d 1bjm-d 4b63-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: QSOX from Trypanosoma brucei (TbQSOX)

ヘテロ分子

53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.373, 61.399, 74.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	QSOX from Trypanosoma brucei (TbQSOX) 分子量: 52241.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-485 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: QSOX, Tb927.6.1850 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: Q585M6, thiol oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14-18% w/v polyethylene glycol (PEG) 2K monomethyl ether (MME), 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23751 / Num. obs: 23627 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.652 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_629)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 3LLK and 3ED3

3llk

3ed3

解像度: 2.3→33.48 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2449	1608	6.82 %	random
R_work	0.1966	-	-	-
obs	-	23564	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.686 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3251	0	53	185	3489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.463	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	597

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3825	0.3504	155	0.2939	2117	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3825-2.4778	0.2937	159	0.237	2170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4778-2.5906	0.273	150	0.227	2159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5906-2.7271	0.3462	153	0.2389	2178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7271-2.8979	0.2911	155	0.2204	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8979-3.1215	0.2658	163	0.216	2189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1215-3.4353	0.3074	173	0.2062	2181	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4353-3.9317	0.2294	154	0.2011	2211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9317-4.951	0.1924	168	0.153	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
4.951-33.4833	0.2131	178	0.181	2335	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8031	-0.7299	0.1739	0.9495	0.0384	0.3893	0.0234	0.0202	-0.1979	0.1453	0.0217	0.396	0.0659	-0.0029	0.017	0.2366	-0.0065	0.0172	0.2712	0.0551	0.3572	34.8993	-31.6709	-4.4382
2	3.134	-1.8233	-0.7407	7.2294	3.0453	1.8471	0.3316	0.6993	-0.1319	-1.0821	-0.3856	0.4214	-0.1732	0.2722	0.0123	0.3344	0.0429	-0.1059	0.3347	0.0273	0.3178	37.3729	-25.1906	-17.6483
3	0.7682	0.0833	0.1627	0.6771	0.6066	0.5485	0.1443	-0.05	-0.3675	0.2311	-0.0902	-0.0608	0.0213	-0.1424	-0.0086	0.2427	-0.0133	0.057	0.1607	0.0359	0.2825	41.658	-30.3186	0.7156
4	2.5531	-1.2691	1.7907	1.7902	-0.4969	1.7789	-0.0962	-0.2111	0.3157	-0.2383	-0.1413	-0.1823	0.0559	-0.2387	0.206	0.217	0.0406	0.0096	0.1979	0.0088	0.1859	36.8447	-17.0942	0.1589
5	2.0529	0.5196	0.1608	0.7347	-0.4547	1.4391	0.1042	0.327	-0.1324	-0.1177	-0.1294	-0.2398	-0.006	0.0523	0.025	0.2573	0.01	0.0546	0.1808	-0.0004	0.3116	46.1917	-28.2139	-7.2905
6	1.353	-0.49	0.6145	0.5358	-0.7624	3.7086	-0.0248	0.2601	0.496	-0.2137	-0.1901	-0.0912	0.4447	-0.0197	0.0675	0.3173	0.0136	0.0232	0.2706	0.1144	0.3131	49.3907	-22.904	-9.7599
7	0.3674	-0.1466	0.2529	0.1769	0.0991	1.0176	-0.104	0.0263	0.309	-0.0837	-0.2343	-0.2783	-0.2457	0.1453	0.095	0.2906	-0.0008	-0.0022	0.1165	0.0254	0.3822	50.2011	-16.4957	-2.218
8	2.6427	0.1972	-0.3692	1.8293	-0.7645	1.1234	0.1449	0.2172	0.1079	0.1263	-0.2658	-0.1908	-0.2793	0.2201	-0.0039	0.3371	0.0519	0.0014	0.3294	0.1761	0.4179	42.2586	-11.0086	-15.6582
9	1.4913	-1.3827	-0.8778	3.0877	-1.0434	4.9107	0.2962	0.1198	-0.1346	0.0647	0.0219	0.2711	-0.3206	-0.7004	-0.2237	0.2694	0.0434	-0.0104	0.2817	0.0737	0.3134	28.0961	-21.9027	-7.8864
10	0.6722	-0.4277	0.4834	0.5311	0.1067	1.0131	0.1079	0.1735	-0.0539	-0.069	-0.3025	0.0799	-0.1088	-0.279	-0.0466	0.2699	0.0563	0.0201	0.367	0.0811	0.3041	23.9882	-10.8028	-20.7103
11	0.0939	0.1111	-0.1038	0.1496	-0.0969	0.2284	-0.0859	0.3077	0.3282	-0.1295	-0.144	-0.1135	-0.1391	0.2118	-0.0831	0.3075	0.1949	-0.1605	0.4974	0.6834	0.5502	27.867	4.5322	-23.6789
12	0.2677	-0.153	0.4984	1.8221	0.321	1.1476	-0.1223	0.0955	0.2064	0.1272	-0.2682	-0.0194	-0.0207	0.1431	0.1325	0.2209	0.0015	-0.0453	0.2043	0.0902	0.2987	28.0034	-2.344	-13.4734
13	1.8241	-0.002	-0.0321	0.7275	0.219	0.1519	0.1769	0.8531	0.0621	-0.1254	-0.0825	0.0278	0.0258	-0.1369	0.0835	0.3175	0.1098	-0.0764	0.4855	-0.0689	0.22	19.3496	-13.4874	-23.3459
14	0.4225	0.4523	0.4276	0.5387	0.278	1.0393	0.0831	0.5568	0.1351	-0.0346	0.0654	0.0273	0.0663	0.2197	0.0558	0.3311	0.1783	-0.0162	1.0257	0.3494	0.3717	29.2485	-7.5328	-33.1479
15	0.4971	0.0541	-0.1006	0.0046	-0.0106	0.0211	0.3122	0.675	0.0817	-0.5493	-0.309	-0.0459	0.7096	0.5369	-0.0506	0.6607	0.2497	-0.1143	1.3424	0.049	0.4113	23.4608	-10.0134	-41.773
16	1.1663	-1.0071	0.3315	2.9113	-0.8716	0.7783	0.2808	0.777	-0.141	-0.8226	-0.0064	0.0176	0.2587	-0.0478	-0.1149	0.554	0.1527	-0.1118	1.2531	-0.207	0.1819	20.3498	-21.0005	-36.5194
17	0.4724	-0.4656	0.315	0.4576	-0.3157	0.2887	0.0556	0.2921	-0.1259	-0.1528	-0.0746	0.0978	-0.068	-0.195	0.0507	0.4143	0.1251	-0.2526	0.6828	-0.4285	0.4675	15.7237	-25.9408	-29.4198
18	1.3882	1.1935	0.3343	1.8714	0.0171	2.0811	0.2349	0.4343	0.0163	-0.503	-0.0727	0.3305	0.6132	0.4245	-0.1399	0.7843	-0.0251	-0.3913	1.3458	-0.1191	0.6194	3.9674	-19.8173	-40.2086
19	1.053	0.5511	0.9473	0.3727	0.4821	1.0705	0.0332	0.2704	0.0258	-0.1451	0.0075	0.1664	0.0677	0.0263	0.1044	0.2615	0.2407	-0.1609	0.9307	-0.0215	0.3925	7.9456	-6.8577	-27.4803
20	5.1972	-1.5906	-0.5166	2.4836	-2.4939	4.5571	-0.5672	0.3456	-0.5797	0.9433	0.4321	-1.2619	-0.0589	0.0148	0.1059	0.4438	0.1556	-0.1244	0.4271	-0.2378	0.7503	9.903	-11.5821	-6.06

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 29:48)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 49:56)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 57:76)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 77:91)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 92:134)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 135:154)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 155:170)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 171:180)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 181:197)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 198:240)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 241:276)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 277:297)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 298:333)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 334:354)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 355:369)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 370:388)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 389:401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 402:420)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 421:435)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 436:446)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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