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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qcb | ||||||
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タイトル | Human receptor protein tyrosine phosphatase gamma, domain 1, apo | ||||||
![]() | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma | ||||||
![]() | HYDROLASE / TYROSINE RECEPTOR PHOSPHATASE / TWISTED MIXED BETA-SHEETS FLANKED BY {ALPHA}-HELICES / APO | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / dephosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of neuron projection development / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sheriff, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Small molecule receptor protein tyrosine phosphatase [gamma](RPTP[gamma]) ligands that inhibit phosphatase activity via perturbation of the tryptophan-proline-aspartate (WPD) loop 著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / ...著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / Bronson, J. / Macor, J.E. / Appiah, K.K. / Westphal, R.S. / O'Connell, J. / Gerritz, S.W. #1: ![]() タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the catalytic domain of human receptor-like protein Tyrosine Phosphatase g in three different crystal forms 著者: Kish, K. / McDonnell, P.A. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Metzler, W.J. / Langley, D.R. / Bryson, J.W. / Kiefer, S.E. / Kostich, W.A. / Carpenter, B. / Westphal, R.S. / Sheriff, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qccC ![]() 3qcdC ![]() 3qceC ![]() 3qcfC ![]() 3qcgC ![]() 3qchC ![]() 3qciC ![]() 3qcjC ![]() 3qckC ![]() 3qclC ![]() 3qcmC ![]() 3qcnC ![]() 1rpmS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35707.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5, vapor diffusion, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43827 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RPM WITH LOOPS EXCISED AND NON- IDENTICAL SIDE CHAINS SHORN. 解像度: 2.1→23.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 2223360 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.64 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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