[日本語] English
万見
- PDB-3qc6: GspB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc6
タイトルGspB
要素Platelet binding protein GspB
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3260 / Immunoglobulin-like - #4140 / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif ...Immunoglobulin-like - #3260 / Immunoglobulin-like - #4140 / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITROGEN MOLECULE / Platelet binding protein GspB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pyburn, T.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: A Structural Model for Binding of the Serine-Rich Repeat Adhesin GspB to Host Carbohydrate Receptors.
著者: Pyburn, T.M. / Bensing, B.A. / Xiong, Y.Q. / Melancon, B.J. / Tomasiak, T.M. / Ward, N.J. / Yankovskaya, V. / Oliver, K.M. / Cecchini, G. / Sulikowski, G.A. / Tyska, M.J. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Data collection
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: Platelet binding protein GspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7776
ポリマ－39,4971
非ポリマー2805
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.338, 86.743, 117.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Platelet binding protein GspB


分子量: 39496.672 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 245-604 / 変異: N444S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
プラスミド: pGEX-3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q939N5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-HDZ / NITROGEN MOLECULE


分子量: 28.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE BOND DISTANCE BETWEEN N6A AND N6B ATOMS OF THE HDZ LIGAND IS NOT CONFORM TO THE STANDARD BOND ...THE BOND DISTANCE BETWEEN N6A AND N6B ATOMS OF THE HDZ LIGAND IS NOT CONFORM TO THE STANDARD BOND DISTANCE FOR HDZ

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/mL protein buffered in 20mM HEPES pH 7.5 equilibrated against a reservoir solution containing 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.15M NH4CH3COO, and 10mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 10 mg/mL protein buffered in 20mM HEPES pH 7.5 equilibrated against a reservoir solution containing 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.15M NH4CH3COO, and 10mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03034 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26193 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→35.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.951 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 1265 4.8 %RANDOM
Rwork0.2153 ---
obs0.2174 26142 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.13 Å2 / Biso mean: 25.903 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2721 0 17 225 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.943823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32925.113133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29315476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1471519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.51753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2322869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07831053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3064.5949
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 84 -
Rwork0.25 1801 -
all-1885 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4324 Å / Origin y: 9.2274 Å / Origin z: -5.1384 Å
111213212223313233
T0.0243 Å2-0.0058 Å20.0094 Å2-0.0343 Å2-0.0022 Å2--0.0107 Å2
L0.0376 °20.1132 °2-0.0543 °2-0.8044 °2-0.5156 °2--0.3688 °2
S-0.0257 Å °0.017 Å °-0.0071 Å °-0.0476 Å °0.0149 Å °-0.0359 Å °0.0383 Å °-0.0081 Å °0.0108 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X246 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1X246 - 601

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る