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- PDB-3qc4: PDK1 in complex with DFG-OUT inhibitor xxx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc4
タイトルPDK1 in complex with DFG-OUT inhibitor xxx
要素3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine kinase / phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / Activation of AKT2 / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / type B pancreatic cell development / positive regulation of phospholipase activity / hyperosmotic response / RSK activation / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / phospholipase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / phospholipase binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / T cell costimulation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / activation of protein kinase B activity / Integrin signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / cell projection / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / calcium-mediated signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to insulin stimulus / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of angiogenesis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Regulation of TP53 Degradation / cell migration / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / protein autophosphorylation / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PDK1-type, PH domain / PH domain / PDPK1 family / : / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MP7 / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Arndt, J.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Discovery of a potent and highly selective PDK1 inhibitor via fragment-based drug discovery.
著者: Erlanson, D.A. / Arndt, J.W. / Cancilla, M.T. / Cao, K. / Elling, R.A. / English, N. / Friedman, J. / Hansen, S.K. / Hession, C. / Joseph, I. / Kumaravel, G. / Lee, W.C. / Lind, K.E. / ...著者: Erlanson, D.A. / Arndt, J.W. / Cancilla, M.T. / Cao, K. / Elling, R.A. / English, N. / Friedman, J. / Hansen, S.K. / Hession, C. / Joseph, I. / Kumaravel, G. / Lee, W.C. / Lind, K.E. / McDowell, R.S. / Miatkowski, K. / Nguyen, C. / Nguyen, T.B. / Park, S. / Pathan, N. / Penny, D.M. / Romanowski, M.J. / Scott, D. / Silvian, L. / Simmons, R.L. / Tangonan, B.T. / Yang, W. / Sun, L.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
B: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4794
ポリマ－71,4462
非ポリマー1,0332
水7,656425
1
A: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2392
ポリマ－35,7231
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2392
ポリマ－35,7231
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.147, 57.336, 83.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 / hPDK1


分子量: 35722.922 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 51-359) / 変異: E303A,K304A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDPK1, PDK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O15530, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MP7 / 1-(3,4-difluorobenzyl)-2-oxo-N-{(1R)-2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl)oxy]-1-phenylethyl}-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide / N-[(R)-1-フェニル-2-[(2-オキソ-2,3-ジヒドロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-5-イル)オキシ]エチル](以下略)


分子量: 516.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22F2N4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LIGAND MP7 NAMED COMPOUND 33 IN PRIMARY CITATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月13日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 72110 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→30.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.087 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21321 3620 5 %RANDOM
Rwork0.17239 ---
obs0.17446 68387 98.04 %-
all-73398 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.295 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å2-1.16 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4489 0 76 425 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0224697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2881.9976353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3485558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.823.78209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03215.036825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8291524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4471.52779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40424484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64231918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6124.51865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 244 -
Rwork0.253 4973 -
obs--96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.3803-0.69713.05215.45280.91973.3057-0.4721-0.1371.1811-0.09620.5566-1.3252-0.02070.2031-0.08450.0693-0.00110.00540.1673-0.18540.53618.864938.525921.9757
20.84470.0532-0.14520.53320.16831.84280.0190.029-0.0107-0.0450.0441-0.0690.11510.1425-0.06310.07140.03610.02040.0902-0.01360.0435-3.182824.123722.2782
36.2711-1.82892.84684.87225.557110.74570.06360.2366-0.0168-0.22280.3831-0.3496-0.33790.7012-0.44660.1124-0.01490.00280.1678-0.0170.15027.12689.51945.851
413.4829-1.2221-1.61428.06580.57132.1730.14242.52231.8029-0.8254-0.3065-0.7917-0.07490.15740.16420.1752-0.00750.15650.62590.44430.489118.997254.927745.2782
57.3132-1.93981.99364.3852-1.23782.6782-0.1061.02821.2257-0.3555-0.2555-0.3986-0.32130.18280.36150.1926-0.0302-0.03070.16090.18810.31649.746955.681751.5559
60.93080.31680.5591.0820.26791.44970.03620.02890.05130.0665-0.0479-0.11370.02170.04260.01170.05750.0205-0.02470.03140.00130.07584.795535.102661.8392
716.30442.76260.09121.4899-3.08829.4311-0.2539-0.51170.5311-0.0683-0.2833-0.11720.10130.35470.53720.0578-0.00340.09020.2592-0.12010.251712.55133.199121.8765
87.47154.08084.71232.75081.85333.9965-0.1390.06760.1805-0.1515-0.1237-0.02230.00840.2030.26280.1493-0.01170.00270.18970.11380.17129.648549.254251.9179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A76 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2A164 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3B51 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4B76 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5B127 - 163
6X-RAY DIFFRACTION6B164 - 359
7X-RAY DIFFRACTION7A1
8X-RAY DIFFRACTION8B2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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