PDB-3qbz: Crystal structure of the Rad53-recognition domain of Saccharomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qbz

タイトル

Crystal structure of the Rad53-recognition domain of Saccharomyces cerevisiae Dbf4

要素

DDK kinase regulatory subunit DBF4

キーワード

CELL CYCLE / FHA domain / Rad53 / replication checkpoint

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of DNA replication initiation / positive regulation of kinetochore assembly / positive regulation of meiotic DNA double-strand break formation / negative regulation of exit from mitosis / Dbf4-dependent protein kinase complex / positive regulation of meiosis I / regulation of cell cycle phase transition / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / premeiotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.692 Å

データ登録者

Matthews, L.A. / Jones, D.R. / Prasad, A.A. / Duncker, B.P. / Guarne, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Saccharomyces cerevisiae Dbf4 has unique fold necessary for interaction with Rad53 kinase.
著者: Matthews, L.A. / Jones, D.R. / Prasad, A.A. / Duncker, B.P. / Guarne, A.

履歴

登録	2011年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qbz.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qbz.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qbz_validation.pdf.gz	441 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qbz_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	3qbz_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	3qbz_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oq4S 3oq0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kjn-d 5wzz-3 3lfk-1 6p7j-d 4krr-d 1bak-d 6mx2-10 5wzz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DDK kinase regulatory subunit DBF4

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: DDK kinase regulatory subunit DBF4

ヘテロ分子

A: DDK kinase regulatory subunit DBF4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.740, 83.740, 103.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	DDK kinase regulatory subunit DBF4 / Dumbbell forming protein 4 分子量: 18993.949 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 66-221, HBRCT domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: Dbf4 residues 66-221 subcloned in pET15b using NdeI-BamHI 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: D4205, DBF4, DNA52, YD9609.07C, YDR052C / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 STAR pRAREpLysS / 参照: UniProt: P32325
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.9 M ammonium sulfate 50 mM sodium cacodylate 15 mM CYMAL-7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 6371 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 53.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 298 / R_sym value: 0.344 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3OQ4

3oq4

解像度: 2.692→38.823 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2729	300	4.72 %	random
R_work	0.2238	-	-	-
all	0.2264	6373	-	-
obs	0.2264	6361	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.732 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7673 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.7673 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-15.5345 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.692→38.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1038	0	15	10	1063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.07	412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.6923-3.3918	0.3418	152	0.2575	2928	3080
3.3918-38.8272	0.2472	148	0.2121	3133	3281

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9308	0.1381	-0.3684	0.8821	-1.5007	3.574	-0.0168	0.1132	0.1651	-1.3666	0.3953	0.4425	0.8596	0.0376	-0.1696	0.4678	-0.1353	-0.0525	0.2152	-0.0925	0.392	-21.3364	18.9067	19.213
2	1.8316	-0.271	0.0579	0.1219	0.2222	1.1129	0.0993	-0.086	-0.2814	0.222	-0.18	-0.0802	0.3033	0.1132	0.0643	0.4928	-0.1595	-0.0776	0.2011	0.0367	0.2101	-27.5838	-5.6491	20.8475
3	5.8636	-1.7303	-5.0527	4.672	4.1137	6.38	-1.6864	0.2567	0.9042	1.5486	0.9564	-1.0096	1.4584	-0.5129	0.5822	0.8395	0.1592	-0.1542	0.3363	-0.1277	0.369	-34.6185	-15.9327	-3.8087
4	4.4966	-1.8555	0.6618	3.2303	1.2185	5.932	-0.2415	0.3853	-0.5756	0.4407	-0.2533	-0.1422	0.3101	1.0932	0.3992	0.5181	0.1176	0.0772	0.4015	0.0469	0.3961	-25.7734	-13.7309	1.174
5	1.9404	0.1215	-0.6136	2.3719	-1.0705	0.4289	0.0305	0.4071	-0.366	-0.0715	0.0479	-0.5066	0.9371	0.2136	-0.1239	0.5833	-0.1332	-0.1323	0.4116	0.0166	0.1656	-25.1499	-13.4297	16.878
6	1.9	0.028	0.7768	0.124	0.1346	1.2021	-0.1894	0.19	-0.2168	0.0321	0.3388	-0.1422	-0.1997	0.6653	-0.0162	0.4459	-0.1241	-0.033	0.0973	0.0559	0.1997	-36.203	-11.9279	14.7589
7	2.437	1.6546	-0.7031	7.3273	-3.6646	1.9328	1.0081	-0.1181	0.1902	-1.2217	-0.7497	0.9922	-0.3165	0.682	-0.2781	0.5304	-0.0839	0.0831	0.2079	0.0056	0.2724	-47.7855	-12.4268	10.4345
8	2.2127	-0.3401	0.1584	0.2054	-0.4623	0.887	0.0328	0.0008	-0.0368	0.621	-0.1672	0.257	-0.1084	0.2994	-0.0867	0.5649	-0.1623	0.0229	0.0651	-0.0237	0.2407	-43.2594	-11.9509	18.9753
9	2.5759	0.0534	-1.032	1.748	0.0994	1.246	-0.237	-0.0321	0.4755	-0.1697	0.1637	0.5563	-0.0683	-0.0843	0.0623	0.4608	-0.1452	-0.0327	0.2511	0.0301	0.3119	-29.8266	-2.5978	11.9125
10	3.2786	-3.378	-2.6818	4.6007	1.2019	6.6624	0.7344	0.6123	0.4261	-1.0235	0.6263	-0.5858	0.4878	0.778	-1.369	0.6811	-0.1972	-0.1289	0.5084	-0.1682	0.2314	-17.9068	-1.3348	11.5798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 98:109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 110:132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 133:138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 139:149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 150:166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 167:179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 180:189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 190:199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 200:213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 214:219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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