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- PDB-3qbt: Crystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbt
タイトルCrystal structure of OCRL1 540-678 in complex with Rab8a:GppNHp
要素
  • Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードPROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / Protein transport / vesicular trafficking / GTPase / Lowe syndrome / immunoglobulin fold / Rab8a / OCRL1 / endocytosis / clathrin / APPL1 / phosphoinositide / ASH / RhoGAP / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / regulation of protein transport / inositol phosphate metabolic process / inositol-polyphosphate 5-phosphatase ...phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / inositol phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / regulation of protein transport / inositol phosphate metabolic process / inositol-polyphosphate 5-phosphatase / vesicle-mediated transport in synapse / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol dephosphorylation / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / Golgi stack / phosphatidylinositol biosynthetic process / membrane organization / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / clathrin-coated vesicle / ciliary membrane / Golgi-associated vesicle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ciliary base / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Golgi organization / RHOJ GTPase cycle / exocytosis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / cilium assembly / photoreceptor outer segment / RAC3 GTPase cycle / phagocytic vesicle / clathrin-coated pit / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / GTPase activator activity / axonogenesis / protein tyrosine kinase binding / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / small GTPase binding / lipid metabolic process / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / actin cytoskeleton / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton / midbody / early endosome membrane / in utero embryonic development / early endosome / lysosome / neuron projection / endosome / regulation of autophagy / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / centrosome / dendrite / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase ...Inositol polyphosphate 5-phosphatase, clathrin binding domain / OCRL1, PH domain / Inositol polyphosphate 5-phosphatase clathrin binding domain / OCRL1/INPP5B, INPP5c domain / : / : / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-like, ASH domain / : / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Rho GTPase activation protein / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-8A / Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hou, X. / Hagemann, N. / Schoebel, S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Erdmann, K.S. / Itzen, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: A structural basis for Lowe syndrome caused by mutations in the Rab-binding domain of OCRL1.
著者: Hou, X. / Hagemann, N. / Schoebel, S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Erdmann, K.S. / Itzen, A.
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
C: Ras-related protein Rab-8A
E: Ras-related protein Rab-8A
G: Ras-related protein Rab-8A
B: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
D: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
F: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
H: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,64518
ポリマ－146,2678
非ポリマー2,37810
水5,549308
1
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2095
ポリマ－36,5672
非ポリマー6433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14790 Å2
手法PISA
2
C: Ras-related protein Rab-8A
D: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2095
ポリマ－36,5672
非ポリマー6433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
3
E: Ras-related protein Rab-8A
F: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1134
ポリマ－36,5672
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
4
G: Ras-related protein Rab-8A
H: Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1134
ポリマ－36,5672
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.147, 55.340, 173.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 20012.037 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 6-176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: synthetic DNA / 遺伝子: MEL, RAB8, RAB8A / プラスミド: pET19mod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61006
#2: タンパク質
Inositol polyphosphate 5-phosphatase OCRL-1 / Lowe oculocerebrorenal syndrome protein


分子量: 16554.666 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 540-678 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: synthetic DNA / 遺伝子: INPP5F, OCRL, OCRL1 / プラスミド: pOPINM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01968, phosphoinositide 5-phosphatase

-
非ポリマー , 4種, 318分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.378 Å / Num. obs: 99857 / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry codes 1r2q 2qv2

1r2q

2qv2


解像度: 2→47.378 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.424 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 4996 5 %RANDOM
Rwork0.2079 ---
obs0.2096 99857 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.08 Å2 / Biso mean: 39.609 Å2 / Biso min: 15.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20.78 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9950 0 142 308 10400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.97913859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.91951209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08824.143519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.499151917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5491578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.24418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.27023
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1471.56288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67529794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70634632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1644.54065
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 362 -
Rwork0.235 6893 -
all-7255 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00530.0044-0.4850.7103-0.16111.58410.0682-0.05850.0548-0.04320.01-0.0555-0.1314-0.1134-0.0782-0.0142-0.00530.0074-0.01660.0089-0.07914.286315.13568.0846
21.74650.0547-0.2170.49220.07171.06950.065-0.10860.08880.0142-0.03580.0507-0.08220.1202-0.02910.0109-0.00680.0004-0.0328-0.0347-0.066171.1673-10.744618.7857
31.83740.60680.0321.4951-0.32710.89790.0205-0.0504-0.2489-0.0575-0.11630.00820.02330.11320.0959-0.0749-0.03940.0233-0.0119-0.0063-0.006356.008618.780763.946
41.362-0.4578-0.05980.86530.13141.00870.05610.0199-0.1704-0.011-0.1152-0.0490.0512-0.08360.059-0.0440.0179-0.0083-0.0679-0.00380.023519.4492-7.255622.199
52.33030.15260.49560.2924-0.02641.25570.0123-0.1979-0.38150.0035-0.0867-0.1461-0.0962-0.00720.0744-0.0639-0.0302-0.0107-0.06290.06280.058129.01492.966868.2764
61.1778-0.04940.22040.43910.12211.04290.0340.065-0.1045-0.035-0.10350.1424-0.0290.00890.0695-0.00340.0372-0.0153-0.0675-0.0411-0.006346.3293-22.880517.6377
72.5044-1.2415-0.6531.87460.11650.67920.12060.1149-0.281-0.1573-0.16090.5657-0.02350.13240.0403-0.0699-0.0309-0.0729-0.0537-0.06620.047140.621933.712851.8863
81.82320.6873-0.46270.68290.03890.41540.1009-0.07730.09940.0655-0.0607-0.03640.0197-0.0427-0.0401-0.0248-0.0002-0.0178-0.0693-0.0123-0.012334.99697.534134.2705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2C6 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3E7 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4G7 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5B549 - 678
6X-RAY DIFFRACTION6D549 - 678
7X-RAY DIFFRACTION7F540 - 678
8X-RAY DIFFRACTION8H540 - 678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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