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万見
- PDB-3qba: Reintroducing Electrostatics into Macromolecular Crystallographic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qba
タイトルReintroducing Electrostatics into Macromolecular Crystallographic Refinement: Z-DNA (X-ray)
要素Z-DNA
キーワードDNA / Z-DNA
機能・相同性DEUTERATED WATER / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Fenn, T.D. / Schnieders, M.J. / Mustyakimov, M. / Wu, C. / Langan, P. / Pande, V.S. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Reintroducing electrostatics into macromolecular crystallographic refinement: application to neutron crystallography and DNA hydration.
著者: Fenn, T.D. / Schnieders, M.J. / Mustyakimov, M. / Wu, C. / Langan, P. / Pande, V.S. / Brunger, A.T.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Data collection
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Z-DNA
B: Z-DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4602
ポリマ－3,4602
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.900, 30.590, 44.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 Z-DNA


分子量: 1730.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: solid state synthesis using a phosphoramidite approach
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.01M Magnesium Acetate 0.05M MES pH 5.6 2.5M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E DW11.54
NUCLEAR REACTOR20.6-0.7
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU SATURN 921CCD2006年1月1日
2AREA DETECTOR2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.61
30.71
反射解像度: 1.53→100 Å / Num. all: 3696 / Num. obs: 3696 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
nCNS-TINKER精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化

R Free selection details: random, throughout / σ(F): 0 / 構造決定の手法: 分子置換 / 立体化学のターゲット値: AMOEBA

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obsDiffraction-ID
1.53-100X-RAY DIFFRACTION0.23590.1937178369636961
1.4-100NEUTRON DIFFRACTION0.31470.3007240468046802
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 0 41 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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