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万見
- PDB-3qb8: Paramecium Chlorella Bursaria Virus1 Putative ORF A654L is a Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb8
タイトルParamecium Chlorella Bursaria Virus1 Putative ORF A654L is a Polyamine Acetyltransferase
要素A654L protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT N-Acetyltransferase / Acetyltransferase / CoA / Spermine / Spermidine
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / IMIDAZOLE / Viral polyamine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Charlop-Powers, Z. / Zhou, M.-M. / Jakoncic, J. / Gurnon, J. / Van Etten, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2012
タイトル: Paramecium bursaria chlorella virus 1 encodes a polyamine acetyltransferase.
著者: Charlop-Powers, Z. / Jakoncic, J. / Gurnon, J.R. / Van Etten, J.L. / Zhou, M.M.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A654L protein
B: A654L protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5166
ポリマ－44,8432
非ポリマー1,6734
水7,512417
1
A: A654L protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2583
ポリマ－22,4211
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: A654L protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2583
ポリマ－22,4211
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.400, 65.400, 112.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 A654L protein


分子量: 22421.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
遺伝子: A654L / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O41136
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.9 M Sodium Citrate, 0.1M Imidizole pH 8.0, 0.1M Glycine-NaOH pH 10.5, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A11.7
シンクロトロンNSLS X6A21
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 130 mm1CCD2010年8月12日
MAR CCD 130 mm2CCD2010年10月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1siliconSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2siliconSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.71
211
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 106656 / Num. obs: 106487

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→28.278 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.168 4333 5.03 %
Rwork0.1518 --
obs0.1526 86178 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.222 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5238 Å2-0 Å20 Å2
2--0.5238 Å2-0 Å2
3---1.8277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 106 417 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6934739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0951368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.365527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.55360.2384590.21088218X-RAY DIFFRACTION100
1.5536-1.61580.23014170.19358191X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.68940.21434340.16578173X-RAY DIFFRACTION100
1.6894-1.77840.19274260.15218196X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-1.88980.16474400.13888175X-RAY DIFFRACTION100
1.8898-2.03570.16024430.13248197X-RAY DIFFRACTION100
2.0357-2.24050.16184240.13728201X-RAY DIFFRACTION100
2.2405-2.56450.15014330.1478166X-RAY DIFFRACTION100
2.5645-3.23030.16054370.16028198X-RAY DIFFRACTION100
3.2303-28.28350.16054200.1498130X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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