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- PDB-3qb7: Interleukin-4 mutant RGA bound to cytokine receptor common gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb7
タイトルInterleukin-4 mutant RGA bound to cytokine receptor common gamma
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin 4
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / cytokine signaling / IL-4Ralpha / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching ...mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of phosphorylation / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / type 2 immune response / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of ATP biosynthetic process / cytokine binding / negative regulation of osteoclast differentiation / B cell activation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / cholesterol metabolic process / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 ...: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 / Interleukin-4 / Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.245 Å
データ登録者Bates, D.L. / Junttila, I.S. / Creusot, R.J. / Moraga, I. / Lupardus, P. / Fathman, C.G. / Paul, W.E. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Redirecting cell-type specific cytokine responses with engineered interleukin-4 superkines.
著者: Junttila, I.S. / Creusot, R.J. / Moraga, I. / Bates, D.L. / Wong, M.T. / Alonso, M.N. / Suhoski, M.M. / Lupardus, P. / Meier-Schellersheim, M. / Engleman, E.G. / Utz, P.J. / Fathman, C.G. / ...著者: Junttila, I.S. / Creusot, R.J. / Moraga, I. / Bates, D.L. / Wong, M.T. / Alonso, M.N. / Suhoski, M.M. / Lupardus, P. / Meier-Schellersheim, M. / Engleman, E.G. / Utz, P.J. / Fathman, C.G. / Paul, W.E. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 4
B: Interleukin 4
C: Cytokine receptor common subunit gamma
D: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,63110
ポリマ－79,1474
非ポリマー1,4836
水00
1
A: Interleukin 4
D: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3155
ポリマ－39,5742
非ポリマー7423
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin 4
C: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3155
ポリマ－39,5742
非ポリマー7423
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.969, 105.879, 121.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin 4


分子量: 15264.575 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-153
変異: K117R, T118V, R121Q, E122S, Y124W, S125F, S128G, S129A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D4HNR6, UniProt: P05112*PLUS
#2: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2 receptor subunit gamma / IL-2R subunit gamma / IL-2RG / p64


分子量: 24309.121 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 55-254 / 変異: N53Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P31785
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM (NH4)2SO4, 100 mM Cacodylate, 20% PEG-3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月20日
放射モノクロメーター: U50 Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→100 Å / Num. all: 16040 / Num. obs: 16040 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.25-3.377.91199.9
3.37-3.58.10.8191100
3.5-3.668.10.5311100
3.66-3.858.10.3931100
3.85-4.098.10.2831100
4.09-4.4180.1981100
4.41-4.8580.131100
4.85-5.567.90.1121100
5.56-77.70.1071100
7-1007.30.046199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_613精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.245→48.507 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 799 5 %
Rwork0.2309 --
obs0.2339 15980 99.78 %
all-15980 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.318 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.387 Å2-0 Å20 Å2
2---9.9821 Å2-0 Å2
3---16.3691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.245→48.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 94 0 5316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3247424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7882041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2454-3.44870.34781320.30372461X-RAY DIFFRACTION99
3.4487-3.71480.31961370.25592489X-RAY DIFFRACTION100
3.7148-4.08850.34611340.22232488X-RAY DIFFRACTION100
4.0885-4.67970.26211480.19312500X-RAY DIFFRACTION100
4.6797-5.89430.24741280.20082568X-RAY DIFFRACTION100
5.8943-48.5120.29511200.24772675X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58990.27770.43560.65021.04531.88480.49390.4132-0.1645-0.1546-0.0255-0.0274-0.1916-0.0964-0.37240.47370.1353-0.08590.71430.15860.5717-58.56898.795816.1203
21.29670.1006-0.77930.8190.0050.49640.0858-0.64380.07060.08150.19120.27860.00470.11840.11140.3684-0.02540.02240.54150.36070.4238-64.92062.751224.8548
31.2512-1.632-0.79892.28191.77675.6729-0.3295-0.087-0.56580.2133-0.44320.42720.0920.11590.67170.7802-0.09350.04470.63880.13190.9907-60.072.38445.5927
40.40690.0787-0.01110.42050.30070.32080.26350.07890.10020.21850.03260.1368-0.74320.0492-0.14070.53060.01140.09070.76590.25760.3705-26.516523.436314.0862
53.0803-0.9461-0.08841.84350.81051.08660.22740.0586-0.62990.0799-0.59220.1478-0.0126-0.33120.32720.5279-0.0421-0.04180.96450.10120.6814-29.60928.166112.765
63.9507-1.7447-1.22522.9469-1.47663.49740.1039-0.0036-0.58320.0916-0.10090.82780.0929-0.2019-0.00790.3116-0.02620.02640.41840.0870.6474-19.1860.540415.7296
70.3203-0.22440.07750.66240.38160.3653-0.0383-0.0311-0.317-0.2662-0.20440.15820.0699-0.0914-0.06880.4824-0.020.11530.53670.22960.4902-18.44589.958314.0651
80.29940.10350.00060.38030.01510.15930.2182-0.0592-0.2345-0.36770.1348-0.44210.08750.08690.55430.275-0.15240.1857-0.15570.39480.7665-41.069-13.49875.6383
90.8736-0.1008-0.00920.838-0.69730.6093-0.0633-0.18730.3309-0.1998-0.1906-0.25280.17330.28-0.0010.34520.0338-0.01280.36830.23290.4401-42.398219.3192-1.5252
100.9443-0.4052-0.13150.65250.60860.75960.0368-0.09650.34280.0605-0.214-0.07320.15520.13640.10850.468-0.0179-0.04210.7620.10980.4493-38.70689.520140.6112
110.37290.3996-0.33720.7772-0.27791.1763-0.1747-0.07950.46470.1990.07630.3479-0.12290.41450.09880.48790.0024-0.13930.59280.18560.7086-49.909928.433417.3332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:22)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 23:119)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 120:127)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 3:12)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 13:22)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 23:32)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 33:127)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 33:135)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 136:226)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 33:137)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resseq 138:226)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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