PDB-3q9v: Crystal structure of rra c-terminal domain(123-221) from Deinococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q9v

タイトル

Crystal structure of rra c-terminal domain(123-221) from Deinococcus radiodurans

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / response regulator protein

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.60174363532 Å

データ登録者

Liu, Y. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. / Ji, C.N.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of rra c-terminal domain (123-221) from Deinococcus radiodurans.
著者: Liu, Y. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. / Ji, C.N.

履歴

登録	2011年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2022年7月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: diffrn / entity ...diffrn / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / refine / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct / struct_ref_seq_dif Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.details ..._diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.details / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_contact_author.name_salutation / _pdbx_database_status.SG_entry / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns.number_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2022年8月3日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / cell / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / symmetry Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.volume ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _symmetry.space_group_name_Hall
改定 2.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q9v.cif.gz	61.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q9v.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3q9v_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q9v_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	3q9v_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	3q9v_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q9sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zvl-4 2vzp-1 5zvl-3 2p5p-2 1bni-1 7cx5-d 3c0d-7 4hjm-d 5a15-5 3fz9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

B: DNA-binding response regulator

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-binding response regulator

B: DNA-binding response regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.251, 37.602, 48.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.920, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Space group name Hall	P2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-7- HOH
2	1	A-28- HOH
3	1	A-285- HOH
4	1	B-288- HOH
5	1	B-297- HOH

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator 分子量: 14934.901 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence conflicts of 216-221 are come from the error in database 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_2418 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRR8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE DEPOSITORS ARE SURE THAT THIS SEQUENCE IS CORRECT, DATABASE SEQUENCE IS WRONG.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1 M CH3COONa, 3.1 M NaCl, pH 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 21545 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.8433553354 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.307 / Num. unique obs: 2158 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Code 3Q9S

3q9s

解像度: 1.60174363532→28.8599869657 Å / SU ML: 0.192658065937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.6579633727
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23028658528	1107	5.13856008912 %	RANDOM
R_work	0.1929616372	20436	-	-
obs	0.194947534671	21543	99.4965823019 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.53712932 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.60174363532→28.8599869657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1566	0	0	222	1788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00749118199207	1595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969407493345	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0503283554588	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00567977539697	281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8655265506	629

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6017-1.6746	0.249238850096	133	0.195440236489	2511	X-RAY DIFFRACTION	97.6005906238
1.6746-1.7629	0.294032375865	130	0.198722834988	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7629-1.8733	0.244926375323	128	0.200727967247	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8733-2.018	0.230919787616	145	0.187830604679	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.9623210249
2.018-2.221	0.224119272907	126	0.182933109139	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.5422	0.223093135091	163	0.191442115663	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5422-3.2022	0.227696581516	134	0.200816231017	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.8897464168
3.2022-28.8647	0.224076496878	148	0.191074930043	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.5683607731

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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