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万見
- PDB-3q9h: LVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9h
タイトルLVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membered macrocycle scaffold
要素Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
キーワードPROTEIN FIBRIL / beta sheet tetramer / macrocyclic peptide / beta-sheet mimetic
機能・相同性1,4-BUTANEDIOL
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Liu, C. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Nowick, J.S. / Cheng, P. / Zheng, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Characteristics of Amyloid-Related Oligomers Revealed by Crystal Structures of Macrocyclic beta-Sheet Mimics.
著者: Liu, C. / Sawaya, M.R. / Cheng, P.N. / Zheng, J. / Nowick, J.S. / Eisenberg, D.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
B: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
C: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
D: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
E: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
F: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
G: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
H: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,44130
ポリマ－10,4128
非ポリマー2,02822
水54030
1
A: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
B: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
C: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
D: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,85111
ポリマ－5,2064
非ポリマー6457
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
B: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
E: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
F: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,03913
ポリマ－5,2064
非ポリマー8339
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
D: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
G: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
H: Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,40217
ポリマ－5,2064
非ポリマー1,19513
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.860, 57.860, 129.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Cyclic pseudo-peptide LVFFA(ORN)(HAO)LK(ORN)


分子量: 1301.554 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
詳細: LVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membered macrocycle scaffold
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M MES pH 6.0, 20% 1,4-butanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. all: 11013 / Num. obs: 11013 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.333.40.4710821.129199.6
2.33-2.423.50.37410571.104199.3
2.42-2.533.50.25910931.07199.9
2.53-2.673.40.17310781.08199.8
2.67-2.833.40.14210841.089199.2
2.83-3.053.40.09911091.071199.8
3.05-3.363.40.0810871.061199.3
3.36-3.853.30.07111221.061199.6
3.85-4.853.10.05711321.177198.7
4.85-1003.10.05411691.024193.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.25→28.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9258 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 524 4.77 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2061 10974 --
原子変位パラメータBiso max: 113.19 Å2 / Biso mean: 55.4961 Å2 / Biso min: 19.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9316 Å20 Å20 Å2
2---4.9316 Å20 Å2
3---9.8633 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.282 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数736 0 126 30 892
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1542
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes322
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1525
X-RAY DIFFRACTIONt_it67320
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion565
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7774
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d86420.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg112121.27
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.27
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.46 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 122 4.78 %
Rwork0.197 2430 -
all0.1983 2552 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80021.42160.08350.0818-1.59831.2245-0.16460.3408-0.6631-0.11240.1929-0.10220.2669-0.319-0.0282-0.1883-0.02740.1064-0.0414-0.0209-0.03871.38455.86415.152
20-1.73111.69212.073-1.31253.4120.1075-0.0459-0.70280.1567-0.04520.20670.14780.3194-0.0623-0.1140.08570.12970.01170.14160.11582.93923.296924.1903
30.4453-2.54671.04391.5355-0.10821.512-0.2106-0.0936-0.53870.07580.00690.27590.0510.40740.2037-0.20470.00780.0848-0.00780.0099-0.063711.51739.330317.9787
41.0818-0.16544.23781.9525-0.8711.7441-0.1960.2034-0.5318-0.14840.349-0.160.0128-0.2415-0.153-0.111-0.08640.14710.042-0.071-0.00657.6619.01039.2575
50.186-1.1902-0.1141.24920.87132.163-0.13650.01870.1137-0.04550.0732-0.0834-0.00780.19390.0633-0.09440.00940.03330.0744-0.0061-0.0469-5.610912.620520.8457
60.2888-0.32851.29183.33861.04441.9037-0.0346-0.2023-0.26-0.039-0.2096-0.2820.0378-0.07570.2442-0.1095-0.03870.0610.01510.0402-0.108-2.39637.677528.7761
71.8534-1.70040.42582.0312-0.04852.2976-0.08140.25760.03970.121-0.0099-0.0452-0.1121-0.15040.0913-0.12760.02310.03050.00520.0218-0.133411.610114.78844.747
81.44723.26570.10731.4715-0.99244.5879-0.0855-0.19820.12410.29880.02780.0865-0.142-0.2240.0576-0.0840.01920.00470.06240.0321-0.042917.062117.610212.6777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|9 }A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|9 }B1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|9 }C1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|9 }D1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|1 - E|9 }E1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|1 - F|9 }F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|1 - G|9 }G1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|1 - H|9 }H1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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