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- PDB-3q8d: E. coli RecO complex with SSB C-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8d
タイトルE. coli RecO complex with SSB C-terminus
要素
  • DNA repair protein recO
  • Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / OB-fold / recombination initation / recombination initiation / SSB / DNA / RecR
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / bacterial nucleoid / nucleoid / replisome / recombinational repair / positive regulation of catalytic activity / SOS response / mismatch repair / enzyme activator activity / response to radiation ...single-stranded DNA-binding protein complex / bacterial nucleoid / nucleoid / replisome / recombinational repair / positive regulation of catalytic activity / SOS response / mismatch repair / enzyme activator activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA recombination / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recombination protein O, C-terminal domain / Recombination protein O, RecO / DNA replication/recombination mediator RecO, N-terminal / Recombination protein O C terminal / Recombination protein O N terminal / Single-stranded DNA-binding protein / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding ...Recombination protein O, C-terminal domain / Recombination protein O, RecO / DNA replication/recombination mediator RecO, N-terminal / Recombination protein O C terminal / Recombination protein O N terminal / Single-stranded DNA-binding protein / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / de novo design (two linked rop proteins) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / : / : / DNA repair protein RecO / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Koroleva, O. / Ryzhikov, M. / Korolev, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of RecO recruitment to DNA by single-stranded DNA binding protein.
著者: Ryzhikov, M. / Koroleva, O. / Postnov, D. / Tran, A. / Korolev, S.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32013年1月30日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein recO
B: DNA repair protein recO
E: Single-stranded DNA-binding protein
F: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2597
ポリマ－57,4184
非ポリマー8413
水3,711206
1
A: DNA repair protein recO
E: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9354
ポリマ－28,7092
非ポリマー2262
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA repair protein recO
F: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3243
ポリマ－28,7092
非ポリマー6151
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.199, 118.569, 145.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 DNA repair protein recO / Recombination protein O


分子量: 27431.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5CXR1, UniProt: P0A7H3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 1277.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 170-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ssb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5D6S3, UniProt: P0AGE0*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 209分子

#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D10.97953
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.97953
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 38294 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1662 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.924 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23406 1867 5.2 %RANDOM
Rwork0.19469 ---
obs0.19678 33949 93.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 0 57 206 3988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0051.9965229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5585466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00521.243169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.15315656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1321544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0212896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0771.52331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.73723730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.33931540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2574.51499
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 108 -
Rwork0.33 1919 -
obs--80.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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