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万見
- PDB-3q89: Crystal structure of Staphylococcus aureus nucleoside diphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q89
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus nucleoside diphosphate kinase complexed with CDP
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Ferridoxin fold / alpha-beta protein family / Nucleoside diphosphate kinases (NDKs) catalyze the transfer of a gamma phosphate from nucleoside triphosphates to nucleoside diphosphate / Nucleotide binding / Magnesium / Metal binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Conformational basis for substrate recognition and regulation of catalytic activity in Staphylococcus aureus nucleoside di-phosphate kinase.
著者: Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,16612
ポリマ－141,3118
非ポリマー8554
水1,29772
1
A: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0913
ポリマ－17,6641
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0913
ポリマ－17,6641
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6641
ポリマ－17,6641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)186.613, 73.055, 102.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase


分子量: 17663.873 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: ndk, SACOL1509 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HFV4, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch crystallization / pH: 6.8
詳細: 0.1M Bis-Tris (pH 6.8) and 25% PEG mme 2000, Microbatch Crystallization, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: VariMax
放射モノクロメーター: CuK (Alpha) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→97.14 Å / Num. obs: 29289 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 4274 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q83

3q83


解像度: 2.9→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 19.712 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29288 1473 5.1 %RANDOM
Rwork0.2521 ---
obs0.25422 27487 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.505 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9167 0 52 72 9291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.96212744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25351184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27723.934427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.067151570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.661572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5041.55901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01329476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61433502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.924.53268
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A492tight positional0.040.05
B492tight positional0.050.05
C492tight positional0.040.05
D492tight positional0.040.05
E492tight positional0.050.05
F492tight positional0.040.05
G492tight positional0.050.05
H492tight positional0.060.05
A460medium positional0.050.5
B460medium positional0.050.5
C460medium positional0.050.5
D460medium positional0.040.5
E460medium positional0.040.5
F460medium positional0.040.5
G460medium positional0.050.5
H460medium positional0.050.5
A492tight thermal0.10.5
B492tight thermal0.130.5
C492tight thermal0.090.5
D492tight thermal0.090.5
E492tight thermal0.080.5
F492tight thermal0.080.5
G492tight thermal0.110.5
H492tight thermal0.150.5
A460medium thermal0.092
B460medium thermal0.12
C460medium thermal0.092
D460medium thermal0.082
E460medium thermal0.072
F460medium thermal0.082
G460medium thermal0.12
H460medium thermal0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 102 -
Rwork0.3 1983 -
obs--96.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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