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- PDB-3q6e: Human insulin in complex with cucurbit[7]uril -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6e
タイトルHuman insulin in complex with cucurbit[7]uril
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / INSULIN / CUCURBIT[7]URIL / CUCURBITURIL / SYNTHETIC / HOST / PHENYLALANINE / SUPRAMOLECULAR / RECOGNITION / CARBOHYDRATE METABOLISM / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES / DIABETES MELLITUS / DISEASE MUTATION / DISULFIDE BOND / GLUCOSE METABOLISM / SECRETED
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of peptide hormone secretion / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / positive regulation of protein metabolic process / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cucurbit[7]uril / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chinai, J.M. / Taylor, A.B. / Hargreaves, N.D. / Ryno, L.M. / Morris, C.A. / Hart, P.J. / Urbach, A.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Molecular recognition of insulin by a synthetic receptor.
著者: Chinai, J.M. / Taylor, A.B. / Ryno, L.M. / Hargreaves, N.D. / Morris, C.A. / Hart, P.J. / Urbach, A.R.
履歴
登録2010年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32014年2月19日Group: Other
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7985
ポリマ－11,6354
非ポリマー1,1631
水1,06359
1
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8182
ポリマ－5,8182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9813
ポリマ－5,8182
非ポリマー1,1631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.534, 116.534, 116.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 90-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-54 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#3: 化合物 ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril


分子量: 1162.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42N28O14
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 40 uM Q7, 40 uM insulin, 10 mM sodium phosphate, 4 mM EDTA, 1 mM lysine, EVAPORATION, temperature 298K, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SIDE-BOUNCE MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979471
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 8778 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.521 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MSO

1mso


解像度: 2.05→27.47 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 877 10 %
Rwork0.206 --
obs0.211 8766 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.33 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 0 84 59 945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0781502
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.083397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0517-2.18020.28461420.20961280X-RAY DIFFRACTION100
2.1802-2.34850.30241430.20281289X-RAY DIFFRACTION100
2.3485-2.58470.28511440.21191295X-RAY DIFFRACTION100
2.5847-2.95830.31281440.20741292X-RAY DIFFRACTION100
2.9583-3.72570.22251470.20141324X-RAY DIFFRACTION100
3.7257-27.46980.21531570.19531409X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.946-0.6006-0.29890.83220.4760.3355-0.20550.6930.1975-1.11090.0064-0.405-0.28610.2195-0.00160.36040.01830.04170.28230.03850.24841.92432.0166-15.6413
24.0957-1.159-0.96713.0403-0.73953.0653-0.05620.28940.1354-0.37350.1725-0.0811-0.0305-0.104-0.00060.20710.01320.00150.15640.02890.1824-2.4115.0979-10.0936
30.97510.14950.20460.9202-0.2960.2682-0.3025-0.080.53990.1998-0.0669-0.5023-0.56190.34010.00170.34140.0204-0.12140.23060.0190.3937-6.403923.5753-4.8839
43.7089-1.3875-0.49495.3997-1.07291.9015-0.2127-0.36030.07570.56110.2706-0.0745-0.42240.0458-00.2170.0845-0.01020.20210.04240.2154-7.968616.2223-4.8849
50.0747-0.0159-0.02240.0649-0.06190.0775-0.50390.58370.16340.13090.69270.0072-0.24540.3168-00.25730.16790.01040.5180.00630.2083-20.699311.97789.259
60.04230.0052-0.03190.0377-0.03640.0496-0.13740.00910.01110.3007-0.4357-0.3089-0.3749-0.3156-00.28430.07210.02910.36470.01520.1444-18.83913.597310.7957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A and resid 1:21A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B and resid 1:29B1 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C and resid 1:21C1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D and resid 1:30D1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN D AND RESID 31 AND ALTID AD0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN D AND RESID 31 AND ALTID BD0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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