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- PDB-3q5x: Structure of proteasome tether -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5x
タイトルStructure of proteasome tether
要素Protein cut8
キーワードCELL CYCLE / nuclear proteasome tether / 26S / novel fold / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / sterol binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / proteasome binding / nuclear periphery / nuclear envelope / chromatin / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tethering factor for nuclear proteasome Cut8/Sts1 / Tethering factor for nuclear proteasome Cut8/Sts1 / Cut8/Sts1 superfamily / Cut8, nuclear proteasome tether protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tethering factor for nuclear proteasome cut8
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Proteasome Tether
著者: Schumacher, M.A. / Glover, T. / Weijun, X.
履歴
登録2010年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cut8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4631
ポリマ－28,4631
非ポリマー00
水181
1
A: Protein cut8

A: Protein cut8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9272
ポリマ－56,9272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5710 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.440, 36.200, 53.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein cut8 / Cell untimely torn protein 8


分子量: 28463.439 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cut8, SPAC17C9.13c / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38937
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPOHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.981
反射解像度: 2.98→49 Å / Num. obs: 5346 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 1.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KRH

3krh
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.98→34.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 783903.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE AUTHORS USED A SIGMA CUTOFF FOR REFINEMENT OF (3 TIMES RES RANGE 40-2.98), WHICH AIDED IN DIMINISHING AFFECTS FROM ANISTOTROPY. THE DATA WERE QUITE WEAK ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE AUTHORS USED A SIGMA CUTOFF FOR REFINEMENT OF (3 TIMES RES RANGE 40-2.98), WHICH AIDED IN DIMINISHING AFFECTS FROM ANISTOTROPY. THE DATA WERE QUITE WEAK (COLLECTED IN HOUSE) BUT THE REFLECTIONS AT THIS SIGMA WERE QUITE STRONG.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 742 13.9 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.262 5346 95.7 %-
all-5586 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.2785 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.73 Å20 Å23.6 Å2
2--36.74 Å20 Å2
3----11.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.68 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 0 1 1570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 109 12.4 %
Rwork0.377 770 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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