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- PDB-3q5u: A minimal NLS from human scramblase 4 complexed with importin alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5u
タイトルA minimal NLS from human scramblase 4 complexed with importin alpha
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Phospholipid scramblase 4
キーワードprotein transport/membrane protein / Armadillo Repeat / Protein Transport / Protein transport-membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / phospholipid scramblase activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / plasma membrane phospholipid scrambling / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / CD4 receptor binding ...calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / phospholipid scramblase activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / plasma membrane phospholipid scrambling / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / CD4 receptor binding / nuclear import signal receptor activity / SH3 domain binding / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / calcium ion binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Scramblase / Scramblase / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...Scramblase / Scramblase / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Phospholipid scramblase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bhardwaj, A. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: A Minimal Nuclear Localization Signal (NLS) in Human Phospholipid Scramblase 4 That Binds Only the Minor NLS-binding Site of Importin {alpha}1.
著者: Lott, K. / Bhardwaj, A. / Sims, P.J. / Cingolani, G.
履歴
登録2010年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32011年8月24日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-2
B: Phospholipid scramblase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3722
ポリマ－51,3722
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.451, 90.973, 96.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomer

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / プラスミド: PET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Phospholipid scramblase 4 / PL scramblase 4 / Ca(2+)-dependent phospholipid scramblase 4 / Cell growth-inhibiting gene 43 protein / TRA1


分子量: 1485.775 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 271-283 / 由来タイプ: 合成
詳細: human PLSCR4-NLS was synthesized by solid-phase methods and purified by reverse-phase HPLC (M.W. 1483.78 daltons)
参照: UniProt: Q9NRQ2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.3 uL of deltaIBB-importin alpha concentrated to 20 mg/ml were mixed with 0.7 microlitre of a 2-fold molar excess of hPLSCR4-NLS peptide; 3 uL of reservoir solution containing ~0.8 M sodium ...詳細: 2.3 uL of deltaIBB-importin alpha concentrated to 20 mg/ml were mixed with 0.7 microlitre of a 2-fold molar excess of hPLSCR4-NLS peptide; 3 uL of reservoir solution containing ~0.8 M sodium citrate, 100 mM Hepes, and 10 mM beta-mercaptoethanol were added to the drop, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 22733 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rsym value: 0.159 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 67.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProCCDデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1Y2A

1y2a


解像度: 2.5→29.81 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement using rigid body refinement, simulated annealing and isotropic B-factor in PHENIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 1127 5.05 %Random
Rwork0.1874 ---
obs0.1893 22316 91.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.45 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0993 Å2-0 Å20 Å2
2---2.187 Å2-0 Å2
3---0.0878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 0 191 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0924568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2761227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61370.3995980.30061749X-RAY DIFFRACTION62
2.6137-2.75140.28621230.25022268X-RAY DIFFRACTION80
2.7514-2.92370.27691390.21322712X-RAY DIFFRACTION96
2.9237-3.14920.2441510.19592806X-RAY DIFFRACTION98
3.1492-3.46570.24971520.19982824X-RAY DIFFRACTION99
3.4657-3.96620.20761450.16472896X-RAY DIFFRACTION100
3.9662-4.99310.16691590.14462898X-RAY DIFFRACTION100
4.9931-29.81220.19061600.17823036X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 75.8842 Å / Origin y: 68.7668 Å / Origin z: 48.735 Å
111213212223313233
T0.0076 Å20.0099 Å20.0271 Å2-0.03 Å2-0.0308 Å2--0.0106 Å2
L0.1898 °20.1489 °20.1221 °2-0.1363 °20.112 °2--0.1059 °2
S0.0208 Å °0.0797 Å °-0.0497 Å °0.0009 Å °0.0611 Å °-0.0351 Å °-0.0247 Å °0.0287 Å °0.1868 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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