PDB-3q5l: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5l

タイトル

Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LMJF33.0312:M1-K 213 in the presence of 17-AEP-geldanamycin

要素

Heat shock protein 83-1

キーワード

CHAPERONE / SLEEPING SICKNESS / LEISHMANIA / HEAT SHOCK PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LMJF33.0312:M1-K 213 in the presence of 17-AEP-geldanamycin.
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / MacKenzie, F. / Fairlamb, A. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...

履歴

登録	2010年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5l.cif.gz	346.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5l.ent.gz	283.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q5l_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q5l_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3q5l_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	3q5l_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h80S 3q5i 3q5j S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h80-1 3q5j-1 3u67-2 6u81-1 5lqj-3 1kug-2 1jep-5 5amo-d 1yix-d 5lqj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Heat shock protein 83-1

B: Heat shock protein 83-1

C: Heat shock protein 83-1

D: Heat shock protein 83-1

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein 83-1

ヘテロ分子

B: Heat shock protein 83-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Heat shock protein 83-1

ヘテロ分子

D: Heat shock protein 83-1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.341, 161.341, 48.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	A	A	1 - 158	19 - 176
2	1	THR	THR	B	B	1 - 158	19 - 176
3	1	THR	THR	C	C	1 - 158	19 - 176
4	1	THR	THR	D	D	1 - 158	19 - 176
1	2	LEU	LEU	A	A	165 - 205	183 - 223
2	2	LEU	LEU	B	B	165 - 205	183 - 223
3	2	LEU	LEU	C	C	165 - 205	183 - 223
4	2	LEU	LEU	D	D	165 - 205	183 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Heat shock protein 83-1 分子量: 26110.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF33.0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q4I6
#2: 化合物	ChemComp-KX2 / (4E,6Z,8S,9S,10E,12S,13R,14S,16R)-13-hydroxy-8,14-dimethoxy-4,10,12,16-tetramethyl-3,20,22-trioxo-19-{[2-(pyrrolidin-1-yl)ethyl]amino}-2-azabicyclo[16.3.1]docosa-1(21),4,6,10,18-pentaen-9-yl carbamate 分子量: 642.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₀N₄O₈

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M disodium tartrate, 1 mM AEP-GA, 4 mM MgCl2, 2 mM TCEP, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 36754 / Num. obs: 36607 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 72.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.848 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.7	4.9	0.605	1810	0.507	1	100
2.7-2.74	5	0.524	1793	0.523	1	99.9
2.74-2.8	5	0.451	1827	0.511	1	99.9
2.8-2.85	5	0.377	1837	0.551	1	100
2.85-2.92	5	0.289	1783	0.556	1	99.8
2.92-2.98	5	0.248	1858	0.58	1	99.9
2.98-3.06	4.9	0.176	1792	0.596	1	99.9
3.06-3.14	5	0.157	1828	0.608	1	100
3.14-3.23	5	0.133	1833	0.632	1	99.8
3.23-3.34	5	0.106	1798	0.68	1	100
3.34-3.46	5	0.087	1837	0.712	1	99.8
3.46-3.6	4.9	0.07	1827	0.772	1	99.9
3.6-3.76	5	0.061	1856	0.84	1	99.9
3.76-3.96	5	0.055	1801	0.88	1	99.9
3.96-4.21	4.9	0.05	1835	1.074	1	99.8
4.21-4.53	4.9	0.05	1835	1.426	1	99.8
4.53-4.99	4.9	0.053	1850	1.869	1	99.8
4.99-5.71	4.8	0.049	1864	1.581	1	99.8
5.71-7.19	4.7	0.037	1875	1.006	1	99.5
7.19-50	4.6	0.032	1868	1.107	1	95.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 61.89 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.65 Å	44.75 Å
Translation	2.65 Å	44.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H80

3h80

解像度: 2.65→24.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.2795 / WR_factor R_work: 0.2239 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8043 / SU B: 25.295 / SU ML: 0.242 / SU R Cruickshank DPI: 0.5494 / SU R_free: 0.3276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2777	1822	5 %	RANDOM
R_work	0.2267	-	-	-
all	0.2292	36598	-	-
obs	0.2292	36452	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.71 Å² / B_iso mean: 69.1992 Å² / B_iso min: 36.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6423	0	184	0	6607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.144	1.992	9098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	10597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.288	5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.375	24.909	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.103	15	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.488	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.288	1.5	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.06	1.5	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.554	2	6739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.955	3	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.666	4.5	2359

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	933	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
1	2	B	933	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	3	C	933	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
1	4	D	933	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	1	A	938	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
1	2	B	938	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	3	C	938	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
1	4	D	938	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	1	A	933	MEDIUM THERMAL	0.21	2
1	2	B	933	MEDIUM THERMAL	0.2	2
1	3	C	933	MEDIUM THERMAL	0.21	2
1	4	D	933	MEDIUM THERMAL	0.27	2
1	1	A	938	LOOSE THERMAL	0.3	10
1	2	B	938	LOOSE THERMAL	0.31	10
1	3	C	938	LOOSE THERMAL	0.34	10
1	4	D	938	LOOSE THERMAL	0.37	10
2	1	A	243	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
2	2	B	243	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	3	C	243	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	4	D	243	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	1	A	231	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
2	2	B	231	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
2	3	C	231	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
2	4	D	231	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
2	1	A	243	MEDIUM THERMAL	0.17	2
2	2	B	243	MEDIUM THERMAL	0.17	2
2	3	C	243	MEDIUM THERMAL	0.18	2
2	4	D	243	MEDIUM THERMAL	0.22	2
2	1	A	231	LOOSE THERMAL	0.3	10
2	2	B	231	LOOSE THERMAL	0.26	10
2	3	C	231	LOOSE THERMAL	0.29	10
2	4	D	231	LOOSE THERMAL	0.27	10

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	139	-
R_work	0.327	2511	-
all	-	2650	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8417	0.7628	0.8904	4.5432	-0.3459	2.6489	0.0913	-0.2612	-0.3889	0.1127	-0.0667	-0.023	0.4685	-0.4713	-0.0246	0.235	-0.1206	0.0346	0.1864	0.0565	0.0758	-52.5369	-59.7327	-16.8389
2	8.7295	-1.1637	1.1038	4.6615	-1.2273	1.7804	-0.3548	-0.3824	1.4632	0.3247	0.1573	0.357	-0.651	-0.3352	0.1975	0.3283	0.0776	0.016	0.3502	-0.042	0.4699	-65.2078	-29.4627	-28.7036
3	4.2326	-0.4262	0.3355	3.6355	0.6747	1.9207	-0.1451	-0.2019	-0.2897	0.2546	0.0951	-0.4035	0.3358	0.2702	0.05	0.1401	0.0439	0.002	0.1865	0.0376	0.0871	-21.6086	-49.7131	-4.1162
4	4.7625	0.3401	-0.9273	5.7412	0.6121	1.8197	0.1944	-0.5622	0.4634	0.6203	-0.092	-0.1871	-0.2942	0.3146	-0.1023	0.2949	-0.0635	-0.0049	0.1719	-0.0248	0.0625	-30.3385	-17.8264	8.2146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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